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记录遇到的R读取数据问题

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发表于 2017-4-16 22:47:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
我在读取TCGA下载的临床数据时,报错为“Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :
  line 28 did not have 186 elements”
经过搜索资料后,发现解决的方法为在命令后面加上“fill=TRUE”就可以解决,现记录一下。
> clinical <- read.table("clinical.txt",header=T, row.names=1, sep="\t")
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :
  line 28 did not have 186 elements
> clinical <- read.table("clinical.txt",header=T, row.names=1, sep="\t",fill=TRUE)
加上这个字段后,可以读取了

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 楼主| 发表于 2017-4-16 22:50:31 | 显示全部楼层
补充一下,这个方法是的来源是http://blog.sina.com.cn/s/blog_6caea8bf0100wm1n.html
“可以通过设定read.table或者read.csv的参数colClasses="character"来实现。
    第二个问题:使用函数read.table读取文件时,如果遇到文件中某些行的数据不规则,会出现这样的错误:scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  :   19行没有4元素。如果希望忽略掉这样的错误,直接读取,如何解决?
可以通过设定read.table的参数fill=TRUE实现。”
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