记录遇到的R读取数据问题

gxhubl

我在读取TCGA下载的临床数据时，报错为“Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :
  line 28 did not have 186 elements”
经过搜索资料后，发现解决的方法为在命令后面加上“fill=TRUE”就可以解决，现记录一下。
> clinical <- read.table("clinical.txt",header=T, row.names=1, sep="\t")
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :
  line 28 did not have 186 elements
> clinical <- read.table("clinical.txt",header=T, row.names=1, sep="\t",fill=TRUE)
加上这个字段后，可以读取了

gxhubl

补充一下，这个方法是的来源是http://blog.sina.com.cn/s/blog_6caea8bf0100wm1n.html
“可以通过设定read.table或者read.csv的参数colClasses="character"来实现。
    第二个问题：使用函数read.table读取文件时，如果遇到文件中某些行的数据不规则，会出现这样的错误：scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  :   19行没有4元素。如果希望忽略掉这样的错误，直接读取，如何解决？
可以通过设定read.table的参数fill=TRUE实现。”