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[mRNA-seq] 用 ASprofile 软件对 Cufflinks 预测的转录本的可变剪切事件进...

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发表于 2017-4-18 08:45:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
用 ASprofile 软件对 Cufflinks 预测的转录本的可变剪切事件进行分类统计

变剪切事件的分类
常见可变剪切事件如下所示:
  (1) AE:    Alternative exon ends (5' , 3' , or both) ----- 可变 5' 或3' 端剪切
  (2) XAE:    Approximate AE (5' , 3' , or both) ----- 近似可变 5' 或3' 端剪切
  (3)  IR:    Intron retention ----- 单内含子保留
  (4)  XIR:    Approximate IR ----- 近似单内含子保留
  (5)  MIR:    Multi-IR ----- 多内含子保留
  (6) XMIR:    Approximate MIR ----- 近似多内含子保留
  (7)  TSS:    Alternative 5' first exon ----- 第一个外显子可变剪切
  (8)  TTS:    Alternative 3' last exon ----- 最后一个外显子可变剪切
  (9)  SKIP:    Skipped exon ----- 单外显子跨跃
  (10)  XSKIP:    Approximate SKIP ----- 近似单外显子跨跃
  (11)  MSKIP:    Multi-exon SKIP ----- 多外显子跨跃
  (12)  XMSKIP:    Approximate MSKIP ----- 近似多外显子跨跃

可变剪切结构统计表各列含义:

列名描述
event_id
AS 事件 ID
event_type
AS 事件类型
gene_id
转录本 ID
chrom
染色体 ID
event_start
AS 事件起始位置
event_end
AS 事件结束位置
event_pattern
AS 事件特征
strand
转录本正负链信息






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发表于 2017-5-11 15:36:04 | 显示全部楼层
请问您用过这个软件么?命令中的.fa.hdrs是个什么格式呢?怎么得到呢?
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发表于 2017-5-25 17:45:18 | 显示全部楼层
有没有具体代码
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发表于 2017-6-12 14:46:49 | 显示全部楼层
extract-as运行时,出现了core dumped。您知道怎么解决吗?
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