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[variation-calling] 关于scalpel

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发表于 2017-4-19 13:05:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位好,我是一名生信菜鸟,最近要跟着老师做全基因测序,到了indel这步,我也是准备选用scalpel。关于“制作 ~/reference/genome/hg19/hg19.chr.bed 这个文件”我不懂怎么弄,以及下一步不是很明白,介意给我一下各位的命令让我参考一下吗谢谢
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发表于 2017-4-19 14:36:47 | 显示全部楼层
你说的是什么文件,说清楚一点好吗?
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 楼主| 发表于 2017-4-19 20:16:28 | 显示全部楼层
ydchen 发表于 2017-4-19 14:36
你说的是什么文件,说清楚一点好吗?

"它需要自己指定--bed参数来选择染色体运行,而且不是给一个chr1就可以了,需要指定染色体及其起始终止坐标:single region in format chr:start-end (example: 1:31656613-31656883)
所以就考验shell编程技巧啦!
制作 ~/reference/genome/hg19/hg19.chr.bed  这个文件,我就不多说了,前面我们已经讲过了!"

这个
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发表于 2017-4-23 21:33:35 | 显示全部楼层
zhengsai 发表于 2017-4-19 20:16
"它需要自己指定--bed参数来选择染色体运行,而且不是给一个chr1就可以了,需要指定染色体及其起始终止坐 ...

(⊙o⊙)…我希望你站在回答你问题的角度来看看你的问题,你确定你说清楚了吗?
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