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Starbase是做lncRNA/circRNA/microRNA的综合性数据库

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发表于 2017-4-19 14:40:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
Starbase(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)-中山大学


Starbase是做lncRNA/circRNA/microRNA等研究常用的强大数据库,Starbase可以帮我们解决这些问题:
一、根据microRNA找非编码RNA(比如lncRNA,circRNA等)
二、根据microRNA找mRNA靶点;
三、查找ceRNA调控分子;
四、查找RNA的结合蛋白;



Starbase数据库于2011年上线,2014年更新到了2.0版本,开发者是中山大学RNA信息中心的屈良鹄研究团队。

屈良鹄教授是生命科学学院教授、博士生导师,国家杰出青年基金获得者,教育部“长江学者奖励计划”特聘教授。长期从事分子生物学与基因工程方面的教学与科学研究,是RNA组学领域专家。他先后主持国家自然科学基金重点项目、国家科技部“973”重要科学前沿项目以及中美和中法等国际合作等项目。在Nature、Science、PNAS、Hepatology、Nucleic Acids Res等国际重要杂志上发表论文100余篇,论文被引用2000余次、获国家发明专利5项。

使用Starbase数据库需要引用原文:
starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data.
starBase: a database for exploring microRNA-mRNA interaction maps from Argonaute CLIP-Seq and Degradome-Seq data.

除了Starbase外,他们实验室还开发了:
DeepBase(从高通量测序数据中系统发掘多种小RNA的计算平台,Nucleic Acids Res. 2010,http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/);
miRExplorer(高通量发掘miRNA的可视化软件,RNA Biology 2011,http://biocenter.sysu.edu.cn/mir/.)等。



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