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农口RNA-seq一站式解决方案

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发表于 2017-4-20 10:29:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
比较全面的:http://weizhongli-lab.org/RNA-seq/
流程如下:

针对 chicken, cow, duck, goat, pig, horse, rabbit, sheep, turkey等动物精心设计的。
当然也支持模式生物咯: yeast, C. elegans, Drosophila, and human
其实只要是ENSEMBL数据库记录的,都可以分析:

分析的要点主要是:sequence quality control, read-mapping, transcriptome assembly, reconstruction and quantification, and differential analysis

核心是3个模块:
The first workflow utilizes Tuxedo (Tophat, Cufflink, Cuffmerge and Cuffdiff suite of tools).
The second workflow deploys Trinity for de novo assembly and uses RSEM for transcript quantification and EdgeR for differential analysis.
The third combines STAR, RSEM, and EdgeR for data analysis.

可以多样本并行,分析结果也可以下载然后自己继续做下游分析:
All these workflows support multiple samples and multiple groups of samples and perform differential analysis between groups in a single workflow job submission.

文章地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27678198
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-4-20 11:08:06 | 显示全部楼层
好好学习
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发表于 2017-4-20 12:30:39 | 显示全部楼层
很全面
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发表于 2017-4-27 17:15:42 | 显示全部楼层
对于专业人员应该没有什么参考价值
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