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直播我的基因组分析-目录-持续更新

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发表于 2017-4-25 14:02:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
谢谢南大的小辣同学的辛勤整理:



基因组重测序的unmapped reads assembly探究 【直播】我的基因组86







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发表于 2017-4-25 14:07:20 | 显示全部楼层
厉害了!!!!学习
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发表于 2017-4-25 14:35:26 | 显示全部楼层
厉害了,前排留名
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发表于 2017-5-29 22:17:00 | 显示全部楼层
必须赞!发完文章就来跟着楼主慢慢做
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发表于 2017-5-29 23:13:40 | 显示全部楼层
版主,如果用Mac book Pro 4核8线程,内存16g,但硬盘不够大,如何解决?用移动硬盘?会不会很不稳定?
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 楼主| 发表于 2017-5-30 07:44:57 | 显示全部楼层
zhuangrui_tea 发表于 2017-5-29 23:13
版主,如果用Mac book Pro 4核8线程,内存16g,但硬盘不够大,如何解决?用移动硬盘?会不会很不稳定? ...

我没有测试过,但是应该会很不稳定,你可以测试一下,如果中间报错了就是不稳定呀,建议弄个服务器
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发表于 2017-6-23 10:26:59 | 显示全部楼层
大神,终于把论坛的账号弄好了。在微信上给您提问,问题可能太多了,希望在论坛里跟您讨论下GATK的问题。我把问题放在下面,希望跟你学习。
我也建了一套GATK的流程,用的是3.5的版本,有几个问题想跟您请教一下(1)你下载的known数据库是*.gz格式的,不需要解压吗?我比较过解压和非解压的运行结果,最后的g.vcf的文件大小会有差异(2)在plot-bamstats这一步主要是做什么用的呢?(3)我看到你是先对每一个lane的数据进行Markduplication,然后再进行合并,我是先对bam文件进行合并之后,统一进行markduplication,顺序不一样对结果会有影响吗?(4)FixMateInformation这一步只是增加了MC和MQ这两个tag吗?在后面的程序中这两个TAG有用到吗?因为在best practice里没有看到这个步骤,所以不是很明白加这一步的意义(5)在BaseRecalibrator这一步我记得是用了3个known库,我看您只用了一个,不知道我用了3个是否不对(6)我看到您的shell脚本统计时间和消耗内存的信息很全面,想请教下这个是用哪个命令呢?希望能得到您的回答
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 楼主| 发表于 2017-6-26 15:51:22 | 显示全部楼层
shuijingnvhaifl 发表于 2017-6-23 10:26
大神,终于把论坛的账号弄好了。在微信上给您提问,问题可能太多了,希望在论坛里跟您讨论下GATK的问题。我 ...

1,需要解压的
2,plot-bamstats这一步是为了画图,你自己运行一遍不就可以了吗
3,Markduplication需要在合并lane之前,没得商量。
4,FixMateInformation我只看到它增加了两个tag,没有看到其它功效,你可以继续探索。
5,用多少个vcf库取决于你自己
6,内存和时间消耗是log日志里面的,你自己grep出来即可
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发表于 2017-6-28 10:19:06 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-6-26 15:51
1,需要解压的
2,plot-bamstats这一步是为了画图,你自己运行一遍不就可以了吗
3,Markduplication需要 ...

多谢大神!
弱弱的问一下,plot-bamstats这个命令是samtools包里的吗?还是需要在哪里下载?以前没有用过
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发表于 2018-7-24 15:46:36 | 显示全部楼层
shuijingnvhaifl 发表于 2017-6-28 10:19
多谢大神!
弱弱的问一下,plot-bamstats这个命令是samtools包里的吗?还是需要在哪里下载?以前没有用过 ...

是的,如果是源码安装,在源码目录的 misc/ 下面
专注于 Spark 分布式快速处理基因数据。提问前请先搜索《提问的智慧》
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