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用GRO-seq来测nascent RNA

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发表于 2017-5-1 21:06:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)服务
项目简介
      GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA的方法。该方法通过对细胞进行迅速冷冻,使细胞核内正在转录的复合体处于冻结状态,然后提取细胞核,加入Run on缓冲液,使其重新恢复RNA的转录。利用抗BrdU抗体提取带BrU标记的新生成RNA ,用于下一步高通量测序分析。
       新生RNA的变化直接反映了转录调控的多种机理,通过GRO-seq技术,可以观测到基因组水平正在进行的转录,这是一种对所有参与RNA聚合酶位置、数量和定向的高分辨率虚拟图谱。

应用范围
      1、取代常规RNA-seq,精准检测实时转录状态的基因表达  
      2、精确定位基因的转录位置和转录方向
      3、发现直接作用的靶标基因
      4、发现新的转录本,包括非编码RNA
      5、鉴定eRNAs分子
送样要求
1.具备条件的,可以把细胞核分离好液氮速冻并干冰运输。
2. 不具备前期准备条件的,需提供活细胞及配套培养基,常温运输。如需进行细胞前处理,请提供详细说明和相关材料,并收取相应处理费用。细胞培养及收集需根据细胞类型不同而收取相应费用。

细胞数量
1x107个细胞每样本

仅限物种
人、大鼠、小鼠

测序模式
SE 50

测序数据量
20M

生物信息分析
1.  数据产出统计,对原始测序数据去接头、去低质量 reads、去污染;
2.  测序序列与参考基因组序列的比对,Reads在全转录组的分布;
3.  Reads在转录起始位点(TSS)附近的meta分析;
4.  转录暂停基因分析
5.  eRNA分析
6.  差异基因分析
7.  差异基因 GO 功能聚类分析及KEGG生物通路富集分析

参考文献
Core L J, Waterfall J J, Lis J T. Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters[J]. Science, 2008, 322(5909): 1845-1848.

Danko C G, Hyland S L, Core L J, et al. Identification of active transcriptional regulatory elements from GRO-seq data[J]. Nature methods, 2015, 12(5): 433-438.



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