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关于bioservices的kegg的dic的key的类型问题

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发表于 2017-5-2 07:54:29 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我是生信萌新卷子。有个bug一直卡了我好几天,快疯了。想请大家帮我看看。多谢大家了
首先我想做的是:我手里有一批已经做好的wes数据里面有gene想把他们都跑一遍kegg的pathway,之后跟我手里已知的pathway进行比对,找出在已知pathway上的gene,将这些选出的gene作为候选。
为了完成第一步,我先做了个预试验。将一小批wes里的gene跑pathway。但是实际操作过程中报错说key的类型不对。可是我为了让类型正确已经改成str()虽然我知道它原本就是str类型。谢谢大家

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发表于 2017-5-2 09:21:27 | 显示全部楼层
(⊙o⊙)…第一次看到有人用python做生物信息学分析,祝好运,我们都是用R的bioconductor的。
python和perl都只是脚本而已,不应该插手生物信息学的事情
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 楼主| 发表于 2017-5-2 10:33:51 | 显示全部楼层
ydchen 发表于 2017-5-2 09:21
(⊙o⊙)…第一次看到有人用python做生物信息学分析,祝好运,我们都是用R的bioconductor的。
python和perl ...

啊 这样啊  好吧 可是我只会用python 目前这个也比较急等不及我再学R再用 多谢啦
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