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免疫组库重新学一下

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发表于 2017-5-3 22:44:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
上次接触免疫组库项目已经是两年前啦。
很多东西都过时了,现在正好有机会,重新学习一下,先放一些刚刚找到的资料吧。

日本公司:http://www.repertoire.co.jp/en/index.html
美国公司;http://www.irepertoire.com/
http://www.adaptivebiotech.com/immunoseq
https://vdjserver.org/
讨论社区:http://b-t.cr/

工具: MiTCR, MiGEC, VDJtools, ImmunoSEQ, IMSEQ and MiXCR
http://vdjtools-doc.readthedocs.io/en/latest/examples.html
R包:https://cran.r-project.org/web/packages/tcR/index.html

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/igblast/release/


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 楼主| 发表于 2017-5-5 23:27:00 | 显示全部楼层
一般从IMGT下载参考序列:http://imgt.org/vquest/refseqh.html
里面的fasta稍微有一点点不太一样,自己读readme即可,http://imgt.org/IMGTindex/Fasta.php
*后面的allele一般不考虑,在分类的时候,http://imgt.org/IMGTrepertoire/P ... iens&group=IGHV
http://imgt.org/IMGTrepertoire/Proteins/#B
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发表于 2017-5-4 08:38:01 | 显示全部楼层
厉害了,我的曾
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发表于 2017-6-12 20:32:25 | 显示全部楼层
我们就用的MiXCR,哈哈哈
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发表于 2017-9-5 14:48:12 | 显示全部楼层
楼主学习速度好快~~
来顶楼学习~
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发表于 2018-10-11 17:06:42 | 显示全部楼层
请问楼主有没有用过imrep这个软件,跟mixcr相比哪个比较准确呢
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