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用Hmisc包的rcorr函数对表达矩阵各个样本算相关系数及P值

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发表于 2017-5-7 21:36:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
一次性解决~
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
mydata <- mtcars[, c(1,3,4,5,6,7)]
head(mydata)
library(Hmisc)
res<-rcorr(as.matrix(mydata))
# Printing the correlation matrix
signif(res$r, 2)
# Printing the p-values of the correlations
signif(res$P,2)

在R里面运行一下就明白了,会返回两个矩阵,一个是相关系数矩阵,一个是P值矩阵。
如果要可视化的话,推荐PerformanceAnalytics包的chart.Correlation函数:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
library(PerformanceAnalytics)
chart.Correlation(mydata, histogram=TRUE, pch=19)

可视化如下:





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发表于 2017-5-7 23:12:40 | 显示全部楼层
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发表于 2018-5-14 15:22:24 | 显示全部楼层
如果样本数目不一致怎么算啊?
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