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coverage rate 0.03吗

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发表于 2017-5-9 20:23:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
     20X的大刍草的测序,拿到vcf文件。师兄说让看一波覆盖度有多少,因为是大刍草的数据,参考基因组是玉米的,所以做好了覆盖度不是特别大的准备。记得Jimmy以前发过关于覆盖度的文章(https://mp.weixin.qq.com/s/q6hiMWGscwaAVcNd9IFCpQ),所以就顺手用了源代码。
代码如下:
samtools mpileup path/5A1.sort.bam |perl -alne '{$pos{$F[0]}++;$depth{$F[0]}+=$F[3]} END{print "$_\t$pos{$_}\t$depth{$_}" foreach sort keys %pos}' >/public/home/ypeng/yangn/F16FTSCCKF4056_CORooqR/Clean/5A1/5A1.coverage_depth.txt

然后,跑完程序之后的数据却吓了我一跳:
chrcover_positionchr_lengthratio
127844374671913127270.03871946
1013720633435434810450.038720775
222005881356958292340.038635079
321428659955514885560.038599845
422254927855622293510.040010806
520174782149913390370.040419579
615218398237784550300.040276775
716645480046262633640.035980399
816101663838961047910.041327594
914326969136321225420.03944517
不知道错在哪里了。请指正。谢谢!
嗯.大三狗不是生信专业。还倾向于使用别人造好的轮子。有些测序的原理也不太清楚。希望大家多多包涵。




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发表于 2017-5-9 20:55:35 | 显示全部楼层
请 samtools mpileup path/5A1.sort.bam |head 一下截图给我们看看
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-5-9 21:30:34 | 显示全部楼层
samtools 的 stats 功能可以统计很详细的信息,包括测序深度,插入片段大小等等。
[mw_shl_code=bash,true]samtools stats  input.bam > input.stats[/mw_shl_code]
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