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[tutorial] phantom peaks 一二三

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发表于 2016-9-8 07:42:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
接触表观遗传学和chip-seq测序技术时间还很短,发现需要强化的知识点有很多,这里我必须重点提一下的是phantom peaks,从字面上理解是虚假的峰。这个概念我没有搜索到中文资料,可能某些微信公众号里面会提到吧,但是无法被搜索引擎获取,至少我现在不知道如何获取。
https://bioshare.bioinformatics. ... _ChIP-Seq_Intro.pdf
https://www.bioconductor.org/hel ... /ChIPSeq_slides.pdf
http://www.mi.fu-berlin.de/wiki/ ... terials/chipseq.pdf
https://www.researchgate.net/pub ... _to_false_positive_
http://genome.cshlp.org/content/22/9/1813.full
看完这些英文资料,大致会有形成一个概念
我们应用CHIP-seq技术来探索两个ISWI-containing nucleosome remodeling factors, ACF and RSF 在果蝇的胚胎细胞里的全基因组染色质结合位点情况。
使用了几种多抗和单抗来直接作用于它们的特征亚单元 ACF1 and RSF-1 ,得到的 robust profiles 数据 表明这两种重编程分子 共有非常多 active promoters 。
为了进一步验证这一现象,我们用了那些不能表达  ACF1 and RSF-1 变异的胚胎细胞 来做同样的CHIP-seq实验,令人吃惊的是,ChIP-seq profiles结果并未改变,说明之前得到的peaks并不是 免疫共沉淀 特有的现象。
而且,我们我在全基因组范围内也分析了近3000个其它区域,大部分是 active promoters 区域,它们在CHIP-seq实验中易于形成非特异性的富集现象,我们称作 Phantom peaks.(具体实验设计及分析步骤,要看那篇文献)

Two cross-correlation peaks are usually observed in a ChIP experiment, one corresponding to the read length (“phantom” peak) and one to the average fragment length of the library.

对对 Phantom Peak 的位置的注释揭示 90%的peaks坐落于 TSS的 1KB区域内,也就是大多数人认为的启动子区域。还有3% 定位于TTS和内含子区域!
用HOMER这个软件对这些peaks作 De novo DNA sequence motif analysis 发现  promoter motifs 在超过40%的peaks 富集。
然后对 这些peaks相关的基因作 GO/KEGG 富集分析,
70% of the peaks 跟 active histone modications,比如H3K4me3 and H3K9ac, 有关。
Phantom Peaks tend to reside in active chromatin across different developmental stages
transcription termination sites (TTS)
transcription start sites (TSS)
其实我还没完全看懂











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