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给生信工程师的cosmic数据库教程

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发表于 2017-5-12 11:46:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
看了一大堆COSMIC数据库教程,都不对我胃口!
都是写个那些做实验的,那些教程没有太大作用,对生信工程师来说。
我只好亲自上阵,再写写教程吧:
COSU开头的是study
COSS开头的是sample
COSP开头的是paper
COSM开头的是Coding Mutations
COSN开头的是Non-Coding Mutations
COST开头的是Structure variation
COSF开头是fusion gene
CNV没有给ID,但是可以url访问每一个详情
methylation也不给ID,更没办法访问。
studysamplepaper,COSP21930,COSP21930genemutationCoding MutationsNon-Coding MutationsCNVfusionRearrangement
最后,还有一个browser

生信工程师应该都可以看懂了,如果你看不懂,那肯定就不是。



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你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-5-12 17:08:52 | 显示全部楼层
COSMIC前几天更新了V81版本,http://cancer-beta.sanger.ac.uk/cosmic beta版本的网站上增加了一百多个重要基因的Hallmarks of cancer的注释,是基于这篇文章的https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10647931
这篇文章讲了癌症的一些特征,可以看看,很有用
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发表于 2017-5-22 16:16:19 | 显示全部楼层
感谢 楼主 和楼上的资料。
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