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用R画reads染色体分布图

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发表于 2017-5-15 11:21:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ydchen 于 2017-5-15 11:23 编辑

代码如下:
[mw_shl_code=applescript,true]library(ggplot2)
read.table("coverage.txt",header=T,sep="\t")->coverage
coverage$chr<-factor(coverage$chr,levels=c(1:22,"X","Y"))
p<-ggplot(coverage,aes(x=position,y=coverage,fill=chr)) + geom_bar(stat="identity",width=.5)+ylab("Coverage")+
     scale_fill_manual(values=rainbow(24))+
     facet_grid(chr ~ .,as.table=TRUE)+ scale_y_continuous(breaks=c(0,3))+xlab("Position")
ggsave(filename="coverage_bar.png",plot=p,height=10,width=6.18)
[/mw_shl_code]
效果图如下:
图片1.png

代码里面用到的coverage.txt文件,大家可以参考群主的直播我的基因组,很简单,就是3列信息,当然,做出这个文件,可能需要一定技术实力





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发表于 2017-5-20 18:57:45 | 显示全部楼层
这个图还可以继续优化  因为不同染色体的长度是不一样的  
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发表于 2017-5-23 17:00:37 | 显示全部楼层
前面都没有问题,最后一步报错:
Error in combine_vars(data, params$plot_env, cols, drop = params$drop) :
  At least one layer must contain all variables used for facetting
我按照网上的帖子把facet_grid(year~.) 改成facet_wrap(~year, ncol=1)还是同样的报错,你有遇到这样的问题吗
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