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[CHIP-seq] 两款典型的peaks caller推荐

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发表于 2017-5-17 10:51:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
MACS (Model-based Analysis for ChIP-Seq)简介:将基因组上的候选peak区延伸,得到一定长度的建模区域,根据此区域中所有唯一比对reads的情况,使用Poisson分布模型进行检验,计算候选peak区域的p-value,若p-value<1e-05,则认为该区域是一个peak。MACS适合分析大部分如具有序列特性的转录因子产生的“尖峰(sharp peak)”。

SICER(spatial clustering approach for the identification of ChIP-enriched regions)简介:先将基因组划分为不存在overlap的window,基于reads富集程度的泊松分布对每个window进行打分。全基因组扫描所有window,将不是随机出现的进行聚类形成islands。对islands进行P value和FDR计算,据此筛选显著的islands。SICER适合与鉴定由组蛋白和染色质结合蛋白产生的“弥散型的峰(broad peak)”。



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