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GATK使用简介

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发表于 2017-5-17 11:53:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在学群主的项目实战,看到一个GATK的实战
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html
讲的很详细,有问题互相学习哦,前后还有别的关于GATK的帖子。
今天的是:
原始数据前处理
      使用bwa进行mapping,得到SAM文件
      用samtools转换成BAM格式,对bam进行排序。
      合并文件
      处理重复序列,进行本地重排,并且对结果进行校正。
之后会再进行增加内容





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 楼主| 发表于 2017-5-17 20:08:23 | 显示全部楼层
https://www.plob.org/article/5987.html
这个是fastqc查看质量的
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发表于 2018-1-11 11:15:31 | 显示全部楼层
我在网上看到很多GATK的教程先是对比对后的原始sam文件做了排序,然后用排序后的文件生成bam文件,再对bam文件排序,总共做了两次排序,请问楼主的看法如何?是否只是做了多余的工作?
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