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IPA软件介绍-Ingenuity Pathway Analysis详细对比介绍

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发表于 2017-5-18 09:10:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ydchen 于 2017-5-18 09:11 编辑

非常赞的工具,不过一般科研院校是买不起的哦。(软件价格   4万美金/)

1. 在高通量、大数据的组学时代如何体现IPA的优势?
a. 与同类型免费开放数据库比较:IPA的功能及服务优势

IPA
免费软件
数据来源
700种杂志全文阅读文献中验证结果和具体讨论;3000多种杂志摘要阅读;整合多个权威公共数据库中可信结果;FDAGVK的药物、临床标志物数据库
表达谱芯片、人工上传、同源比对、自动提取文献摘要
数据组成
亚细胞定位、生理过程、分子功能
分子相互作用、转录调控、Isoform
药物靶标、生物标志物、通路
器官/细胞系表达信息、遗传突变
GO:亚细胞定位、生物功能
KEGG: 通路(商业化中)
STRING:相互作用
Transfac:转录因子(商业)
mirBasemiRNA-mRNA
BioMart:疾病信息
易用性
各类分析在同一GUI界面完成
所有结果均包含支持文献原文
JAVA界面,易学易用
简单的图表结果
无详细参考文献信息
每种软件均需要学习
准确性
每周更新文献信息、每季度更新功能
支持定量数据的趋势分析,自动构建非经典调控途径
所有数据均经由三轮人工质控
只选用高影响力的数据库、杂志和数据
数据来源、更新速度、数据提取算法均各不相同,无法保证一致性
大多数工具不支持定量趋势分析
大部分数据来源于表达谱芯片、志愿者上传,没有能力提取实验验证结果
b. 与同类型商业软件比较:
软件名称
IPA
MetaCore
Pathway studio
查询与数据挖掘
专家编译的生物学相互作用以及功能注释的知识库,在人工阅读文献的基础上,构建了可查询基因、miRNA、蛋白及复合物、化合物的细胞过程、生理功能、细胞定位、组织表达、相互作用、疾病、生物标志物、临床FDA进展、翻译后修饰、转录调控、 遗传突变、同源异构等信息,以及疾病、功能、通路信息,对生物知识进行了关联,使其可交叉查询,可通过表格或图形可视化展示,分子活性预测,专家多轮审核质控
专家审核基因、蛋白和化合物
miRNA
疾病
功能
通路
代谢反应
药物
代谢物
基因
蛋白质
microRNA
代谢物
疾病
细胞过程
功能类生物学实体
数据分析
分析高通量+低通量筛选试验数据
分析基因/蛋白/药物/代谢物实验
下游功能分析
可扩展/编辑通路分析
转录调控分析
因果网络分析
转录效应分析
在同一个通路和网络图上,展示/交叉验证不同类型的分子数据
激活/抑制趋势分析
动态活性预测网络分析
miRNA靶基因预测
蛋白/代谢/药物/基因/复合物/非编码RNA相互作用网络
分子/疾病/功能/通路相互作用网络
多状态趋势分析
毒性分析
生物标志物分析
分析高通量+低通量筛选试验数据
分析基因/蛋白/药物/代谢物实验
下游功能分析
不可扩展/不可编辑通路分析
转录调控分析
在同一个通路和网络图上,展示/交叉验证不同类型的分子数据
miRNA靶基因预测
蛋白相互作用网络
分析高通量+低通量筛选试验数据
分析基因/蛋白/药物/代谢物实验
miRNA –基因分析
可编辑通路分析
毒性分析
生物标志物分析
蛋白互作网络分析
查询与数据分析交互

在查询的基础上可以和用户自己的数据进行结果交互和活性预测
NA
NA
c. 2013年以来与同类型软件高影响因子文章引用数量比较

IPA
Metacore
Pathway Studio
Nature
47
1
0
Cell
43
0
0
Science
41
0
0
PNAS
55
11
2
2. 国内哪些高校(图书馆或项目组等)已经按年度购买IPA软件?
目前国内主要客户有:
  • 北京:中国科学院基因组所、协和基础所、肿瘤研究所、计算中心、军事医学科学院、中医科学院等
  • 上海:中科院生命科学研究所、上海生科院细胞所、有机所、交通大学、复旦大学、同济大学、诺华、GSK、礼来等
  • 其他地区:中山大学、暨南大学、香港中文大学、南方蛋白中心、南开大学、南通大学、扬州大学、河南师范大学、BGI(研发部门)等单位

附录一:同类型商业软件全世界发表检索结果
IPA 献检索式及链接:(自2013年共5080篇)
Metacore文献检索式及链接:(自2013年共1090篇)
Pathway studio 文献检索式及链接:(自2013年共394篇)
附录二:IPA高影响因子代表性文章列表及链接(按期刊分类)
Nature代表性文章链接:
Cell代表性文章链接:
Science代表性文章链接:
PNAS代表性文章链接:




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 楼主| 发表于 2017-5-18 09:11:05 | 显示全部楼层
非常赞的工具,不过一般科研院校是买不起的哦。
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 楼主| 发表于 2017-5-18 09:11:16 | 显示全部楼层
1.IPA介绍——全球最强大的生物信息分析利器
2.特色分析内容
(1)分子查询
(2)高通量测序数据特色分析
3.发表文章

IPA优势:
1.省时
2.数据利用率深度挖掘,数据知其所以然,上因下果
3.数据展示效果
4.可靠
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