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fastSTRUCTURE,简单快速进行群体结构分析

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发表于 2017-5-18 21:22:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 pele 于 2017-5-19 10:56 编辑

1.需要文件,plink --make-bed
2.安装
3.计算群体结构python structure.py --input=yourbedfile --oupput=yourresult -K 3
4.绘制图片python python distruct.py -K 3 input=yourresult output=result.pdf

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发表于 2017-5-19 08:26:15 | 显示全部楼层
你的总结总是短小精悍,有风格,非常重要
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-5-19 08:42:48 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-5-19 08:26
你的总结总是短小精悍,有风格,非常重要

不支持markdwon让人很不舒服,排版都好难看
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发表于 2017-5-19 10:24:05 | 显示全部楼层
pele 发表于 2017-5-19 08:42
不支持markdwon让人很不舒服,排版都好难看

把你的博客链接放在这里也可以
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-6-6 16:29:05 | 显示全部楼层
想问下您 有用过admixture 进行分析么?如果染色体的名称不是chr1这种类型的是不是fastSTRUCTURE也无法成功进行呢?我用plink 转换格式的时候保持原来的染色体名称在往后操作的时候就无法进行了~现在不懂该咋弄了~求解答~~~~
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发表于 2017-6-7 09:29:08 | 显示全部楼层
393677116@qq.co 发表于 2017-6-6 16:29
想问下您 有用过admixture 进行分析么?如果染色体的名称不是chr1这种类型的是不是fastSTRUCTURE也无法成功 ...

自己弄清楚了~~~~在使用plink2进行vcf格式转换时,先把各个染色体的名称手动转换为整数。我使用的是admixture,感觉会比较方便快捷。可以很快的得到比较合适的K值~~~
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