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[mRNA-seq] 转录组的五个高级分析

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发表于 2017-5-22 10:23:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
转录组的五个高级分析
高级分析一:不同isoform的基因数目统计,可以看出物种的转录本的复杂程度。


高级分析二:可变聚腺苷酸化APA分析
多聚腺苷酸化指多聚腺苷酸与信使RNA(mRNA)分子的共价链结。去冗余之后的isoforms,根据reference,我们对每个基因所能鉴定到的APA位点进行统计。真核生物的mRNA 转录后加工可变剪接和3′末端可变聚腺苷酸化(APA)都会影响转录组的多样性和复杂性,以适应动植物在不同环境,不同时期的需求。通过传统的二代短读长测序的RNA-Seq方法,很难准确的鉴定APA位点。采用三代的全长转录组测序,给分析可变聚腺苷酸化提供了条件。


高级分析三:可变剪接形式分析
不仅可以统计全长转录组测序得到的可变剪接类型数目,而且可以统计目前数据库中已注释的可变剪接类型数目。

高级分析四:融合基因分析
通过三代全长转录组测序,可以进行基因融合的分析,这将帮助挖掘不同样本中转录本的变化,可以帮助解释一些生物学问题。


高级分析五:不同样本中检测的isoform的维恩图

推荐一个画Veen的在线工具:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

来源:https://mp.weixin.qq.com/s/nuBfgcjSTG4sifQxuAXs8g



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发表于 2017-5-22 13:50:31 | 显示全部楼层
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发表于 2017-5-22 17:02:08 | 显示全部楼层
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发表于 2017-5-22 17:44:27 | 显示全部楼层
可以适当往更深点写,这些也不是太复杂的东西。
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 楼主| 发表于 2017-5-22 17:51:10 | 显示全部楼层

现在看看有显示了吗
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 楼主| 发表于 2017-5-22 17:52:54 | 显示全部楼层
张翼翔 发表于 2017-5-22 17:44
可以适当往更深点写,这些也不是太复杂的东西。

以后学会了再补充,不会太久~
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发表于 2017-5-23 19:50:25 | 显示全部楼层
qians 发表于 2017-5-22 17:51
现在看看有显示了吗

有了。。。。。。。。
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