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[其他] 出现错误代码Error: cannot allocate vector of size 4.3 Gb

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发表于 2017-5-24 16:20:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
可能是我的电脑内存不够大的原因吗,我的电脑是4G的运行内存。是在进行聚类分析的时候出的问题,具体代码如下:
library(GEOquery)
library(affy)

pd <- read.AnnotatedDataFrame("mydata.txt",header=TRUE,row.names=1,as.is=TRUE)
rawAffyData <- ReadAffy(filenames=pData(pd)$FileName, phenoData=pd)

eset2 <- rma(rawAffyData)
mydata<-exprs(eset2)
mydatascale <- t(scale(t(mydata)))
hr <- hclust(as.dist(1-cor(t(mydatascale), method="pearson")), method="complete")

Error: cannot allocate vector of size 4.3 Gb

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发表于 2017-5-24 17:25:49 | 显示全部楼层
应该是的 你电脑剩余内存不够用了
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 楼主| 发表于 2017-5-24 19:48:02 | 显示全部楼层
anlan 发表于 2017-5-24 17:25
应该是的 你电脑剩余内存不够用了

是剩余内存还是运行内存的问题啊?要是剩余内存应该清理下就好了,要是运行内存那也办法了
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发表于 2017-5-25 10:52:13 | 显示全部楼层
应该是内存问题,R非常占内存,最好把读入R里不用的元素删除。
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发表于 2017-5-31 12:39:38 | 显示全部楼层
内存不够,这一步需要4.3G,你电脑总共才4G
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发表于 2017-6-7 00:07:04 | 显示全部楼层
可以设置一下虚拟内存,手动设置,不懂的百度一下
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