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[其他] 5行代码与R本身得到的表达矩阵区别

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发表于 2017-5-24 22:30:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
关于用5行代码和用limma包处理GSE1462,得到的表达矩阵差距很大,不知道为什莫???

## 这个是R程序
这个是用如下程序处理的:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
library(GEOquery)
library(limma) 
GSE1462 <- getGEO('GSE1462', destdir=".",getGPL = F)
exprSet=exprs(GSE1462[[1]])
library("annotate")
GSE1462[[1]]
pdata=pData(GSE1462[[1]])
group_list=c(rep('normal',3),rep('MELAS',4),rep('PEO',4),rep('mtDNA_deletion',4))
group_list=factor(group_list)
group_list <- relevel(group_list, ref="normal")

platformDB='hgu133a.db'
library(platformDB, character.only=TRUE)
probeset <- featureNames(GSE1462[[1]])
#EGID <- as.numeric(lookUp(probeset, platformDB, "ENTREZID"))
SYMBOL <-  lookUp(probeset, platformDB, "SYMBOL")
a=cbind(SYMBOL,exprSet)
## remove the duplicated probeset 
rmDupID <-function(a=matrix(c(1,1:5,2,2:6,2,3:7),ncol=6)){
  exprSet=a[,-1]
  rowMeans=apply(exprSet,1,function(x) mean(as.numeric(x),na.rm=T))
  a=a[order(rowMeans,decreasing=T),]
  exprSet=a[!duplicated(a[,1]),]
  #
  exprSet=exprSet[!is.na(exprSet[,1]),]
  rownames(exprSet)=exprSet[,1]
  exprSet=exprSet[,-1]
  return(exprSet)
}
exprSet=rmDupID(a)
rn=rownames(exprSet)
exprSet=apply(exprSet,2,as.numeric)
rownames(exprSet)=rn
exprSet=log(exprSet)

#######
这个是用5行代码的(humanid包)
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
eSet <- GEOquery::getGEO('GSE1462', destdir=".",getGPL = F)
library(humanid)
exprSet2<- get_symbol_exprSet(eSet[[1]],'hgu133a.db')


而且二者获得的表达矩阵数目还不同,分别是12433,12066,所以想问哪个为准?





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