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TCGA数据库下载SNV的问题

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发表于 2017-5-25 15:17:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
关于TCGA数据库下载SNV的问题,我有两个,请大神指点:
1)今日使用命令行下载TCGA中胃癌的SNV数据时,提示“You don't have access to the data”,求这是什么原因?
2)TCGA下载的SNV是tumor和reference比较的吗?比如哈,ref中是G,tumor是A,但是如果matched normal组织中也是A呢,那么这个G-A还叫SNP吗?TCGA中的SNP是已经排除掉个体原因造成的SNP吗?
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发表于 2017-5-26 11:04:50 | 显示全部楼层
Oscarwang 发表于 2017-5-26 10:02
使用命令行下载时,虽然能成功下载4个文件,但同时也有报错出现,如下图:

...

(⊙o⊙)…我好像没有遇到这个情况,只能靠你自己啦
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-5-25 20:11:42 | 显示全部楼层
vcf格式的SNV数据应该是需要申请的,因为那个是germline mutation,你只能下载maf格式的somatic mutation哦
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-5-26 08:28:23 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-5-25 20:11
vcf格式的SNV数据应该是需要申请的,因为那个是germline mutation,你只能下载maf格式的somatic mutation哦 ...

感谢明哥的回复,但是我还是不清楚,在勾选的四个选项中选择哪一个是可以下载的?“Annotated Somatic Mutation ”,“Raw Simple Somatic Mutation ”,“Aggregated Somatic Mutation ”和“Masked Somatic Mutation ”这四个。
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 楼主| 发表于 2017-5-26 08:32:30 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-5-25 20:11
vcf格式的SNV数据应该是需要申请的,因为那个是germline mutation,你只能下载maf格式的somatic mutation哦 ...

而且,明哥,我刚才试了下maf格式的,仍然无权限下载。。。。。好惆怅。。。。
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发表于 2017-5-26 09:19:51 | 显示全部楼层
Oscarwang 发表于 2017-5-26 08:32
而且,明哥,我刚才试了下maf格式的,仍然无权限下载。。。。。好惆怅。。。。 ...

这就奇怪了,你是没有权限下载,还是没有权限写入文件?可否把报错张贴一下给我看看呢
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-5-26 09:47:49 | 显示全部楼层
明哥,具体请看下图


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 楼主| 发表于 2017-5-26 10:02:33 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-5-26 09:19
这就奇怪了,你是没有权限下载,还是没有权限写入文件?可否把报错张贴一下给我看看呢 ...

使用命令行下载时,虽然能成功下载4个文件,但同时也有报错出现,如下图:

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