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cytoscape互作图可视化

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发表于 2017-6-3 10:01:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
二代测序火了,以便快速、准确找到感兴趣蛋白质/基因。而蛋白质相互作用不仅提供潜在生物学功能线索,而且能够了解一个细胞或一个生物途径的生物学机制提供信息。
我个人一般用cytoscape3.1.1和cytoscape2.8.0这两个结合起来用。当然互作图片和可视化也可以用R来实现的。
我们做互作图片呢一般是在intact数据库(http://www.ebi.ac.uk/intact/)中去搜索相关的关系,然后下载或者可以用其他的算法去计算两两之间的关系。
在这里面输入相关的基因名称。输入后下载一个名为geneName_.xml的文件,把这个文件导入到cytoscape中。
下面介绍用cytoscape3.1.1
这个是要导入的文件方式
这个是导入的文件,我们要把一般重复的去掉。
在搜索中输入我们的目标基因。再作下标记。然后把结果导出,再把相关结果导入到cytoscape2.8.0中把图片的格式和颜色相应的调整。可以根据自己的需要修改,如上调用红作下调用蓝色,目标基因用黄色等。可下面的Node color 和Node label可以选择相应的颜色和名称信息



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