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看懂这段芯片数据的差异分析代码

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发表于 2016-9-9 16:38:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
很简单的,会R就好,如果是自己的数据,也是类似的分析流程~~~
[Python] 纯文本查看 复制代码
library("humanStemCell")
data(fhesc)
library("genefilter")
filtFhesc <- nsFilter(fhesc)[[1]]
library("limma")
design <- model.matrix(~filtFhesc$Diff) 
hesclim <- lmFit(filtFhesc, design) 
hesceb <- eBayes(hesclim) 
tab <- topTable(hesceb, coef = 2, adjust.method = "BH", n = 7676) 
tab2 <- tab[(tab$logFC > 1) & (tab$adj.P.Val < 0.01),]
affyIDs <- rownames(tab2)
library("microRNA")
data(hsTargets)
library("hgu133plus2.db")
entrezIDs <- mappedRkeys(hgu133plus2ENTREZID[affyIDs])

最后得到的 entrezIDs  就是我们选取的差异基因的ID,可以直接拿去做下游的功能分析



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