搜索
查看: 3035|回复: 2

[Python] 一个失误的补救代码 fastq-split

[复制链接]

11

主题

52

帖子

279

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
279
发表于 2016-9-9 21:19:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
之前下载了一批mRNA数据,从sra转换fastq格式时候没有加 --split-3参数,导致其中的paired-end数据都存到一个文件里了而由于数据比较多,磁盘上空间不足,我将sra文件删除,使用数据时发现这个问题,在网上找了一下发现有人询问,但回答的大都是将大文件分割为小文件,并没有拆序列的情况。
经过测试发现,使用fastq-dump转换sra时不使用--split-3参数得到的结果与使用参数的结果刚好是碱基和质量信息从中间分割的关系
[Plain Text] 纯文本查看 复制代码
###single-end
@GSM1515813.1 H-148:119:C0K3WACXX:8:1101:1224:2188 length=202
TGTCTGGAAAACCGGACTTATTTTCGCAAGGACATAATAAAGACACTTAAGAAAACTACTCTTCTTCATCTTCCTCTTTCCAGCACTTCAGAGTTGATNNNGTTTTCTGGATGTTAAGGGATACTGTCGCGAAGAGAGGAGCCACGAAGGGCTTGGAATGGGTGGTTCTCTTGTCTACCAAAAATTTGCCAAGACTTGTGAC
+GSM1515813.1 H-148:119:C0K3WACXX:8:1101:1224:2188 length=202
@@@DDF?DFHDHGIJJJJJEGGHHGIJGHDHGJIIIJJJIJJJJJHGGIGGHHIJJJJJBHHHHHFFFFFFFEACECEECCCCCCDDDDD>3:,5>A####CC@FFFFFGFHHHJIIGGEHJJJJIIJJJJGIIIIJIIJECHIIA;ADGB?AD<DEED@@B>>B;@CCDDDDDDDDCDDDBB?8AC:@AC>?BCCDDCCC>
###two paired-end
第一个文件
@GSM1515813.1 H-148:119:C0K3WACXX:8:1101:1224:2188 length=101
TGTCTGGAAAACCGGACTTATTTTCGCAAGGACATAATAAAGACACTTAAGAAAACTACTCTTCTTCATCTTCCTCTTTCCAGCACTTCAGAGTTGATNNN
+GSM1515813.1 H-148:119:C0K3WACXX:8:1101:1224:2188 length=101
@@@DDF?DFHDHGIJJJJJEGGHHGIJGHDHGJIIIJJJIJJJJJHGGIGGHHIJJJJJBHHHHHFFFFFFFEACECEECCCCCCDDDDD>3:,5>A####
第二个文件
@GSM1515813.1 H-148:119:C0K3WACXX:8:1101:1224:2188 length=101
GTTTTCTGGATGTTAAGGGATACTGTCGCGAAGAGAGGAGCCACGAAGGGCTTGGAATGGGTGGTTCTCTTGTCTACCAAAAATTTGCCAAGACTTGTGAC
+GSM1515813.1 H-148:119:C0K3WACXX:8:1101:1224:2188 length=101
CC@FFFFFGFHHHJIIGGEHJJJJIIJJJJGIIIIJIIJECHIIA;ADGB?AD<DEED@@B>>B;@CCDDDDDDDDCDDDBB?8AC:@AC>?BCCDDCCC>  

以此为规则写了个小脚本处理文件的问题  
代码地址https://github.com/lidongye/fastq-split.git  
这个脚本很适用于由于转换sra格式误操作  没有使用分割参数的情况  




上一篇:看懂这段芯片数据的差异分析代码
下一篇:生信人必会软件之genome brower
回复

使用道具 举报

0

主题

8

帖子

140

积分

注册会员

Rank: 2

积分
140
发表于 2016-10-23 17:21:06 | 显示全部楼层
请问楼主知不知道split-file和split-3有啥区别?
回复 支持 反对

使用道具 举报

11

主题

52

帖子

279

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
279
 楼主| 发表于 2016-10-23 17:23:00 | 显示全部楼层
银色麦穗 发表于 2016-10-23 17:21
请问楼主知不知道split-file和split-3有啥区别?

不清楚、我一直用的 split-3
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-8-23 18:03 , Processed in 0.033672 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.