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如何做好一个版主-系统性的整理一个领域资料

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发表于 2016-9-12 12:34:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
我写这个,是基于我自己的一些思考,做的一个版主引导。首先,我们都是喜欢整理学习笔记并且热爱分享交流的,也期望通过这样的方式督促自己学习和获得正反馈。大家也看得出来,在我们生物信息学菜鸟团的引导下,有非常多的初学者加入了分享创作的队伍,但是大部分人的博客或者公众号的受众很有限,而且初学者掌握的知识面很单一,而且容易出错,所以我们搭建了这个生信技能树-论坛的平台,相当于一个自媒体中心,大家可以同时兼顾自己的学习分享帐号和论坛帐号(两方互相引流,增加受众和讨论),负责一个你最感兴趣或者你正在从事的有把握的板块,系统性的整理好一个入门指导系列资料,这样会更有成就感,也会有更多的互动,也能在某些领域积累声望。






如果我是WES版主,我会~~~



如果我是想系统性的掌握全外显子测序数据分析技能,那么我可以通过做这个生信技能树的版主来加快这一进程。

首先,我会了解全外显子测序的基本原理,如何从全基因组里面捕获全外显子序列,有哪些公司的芯片,优缺点是什么呢?外显子已经确定了吗?由哪个组织规定?外显子内含子,基因组版本的生物学概念要搞清楚。

然后找几个公司的全外显子分析报告,看看它们分析了哪些点,还有找几篇引用率最高的综述,全外显子测序是什么时候提出来的?主要在哪些科研领域应用,在医疗领域应用如何?市场化程度如何?它跟全基因组比起来如何?

当我们了解了全外显子需要分析哪些步骤,比如 QC-->alignment-->variation-calling-->variation-annotation-->visualization. 那么我们需要一个个步骤来看,比如QC一般做什么,有什么标准,使用哪些软件,( fastQC,fastx-toolkit,NGS-toolkit,cutadapt等等),QC的结果怎么看? 然后比对,比对一般选择什么策略?不同质量的测序数据比对有什么技巧吗?比对软件,bwa,bowtie,soap等等各有什么优缺点吗?比对软件发表时间越晚越好吗?有什么新的软件出来吗?其余的每个步骤类似,需要明白为什么做,怎么做,做什么,以及多种工具的比较,使用教程。

做到这里,其实我们对WES数据分析就有了大致的了解了,但是需要实践,可以去找一些公共数据,开始处理一下,看看是不是每个步骤都是我们学习的那样出结果,中间会有什么gap?实践是检验真理的唯一标准。





当然,这只是我个人的一些粗浅的思考草稿,欢迎大家跟帖讨论。





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