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使用ParaAT和kaks_calculator批量Kaks批量计算

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发表于 2017-6-14 12:38:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 zt1989 于 2017-6-14 12:48 编辑

以棉花为例子,批量计算Kaks.
Ka/Ks意义,Ka/Ks=1.中性进化,Ka/Ks<1.纯化选择,
Ka/Ks>1.正选择。此外Ks 可以用来进化分歧时间   T=Ks/2λ。

1 下载安装ParaAT2.0
我使用的Macbook pro,一般先修改/etc/paths添加环境变量
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
vi /etc/paths 

将ParaAT2.0 和Muscle添加入环境变量

2文件格式要求
一共需要准备3个文件
所有蛋白和cds的序列
第3个文件是同源基因列表
棉花是个异缘四倍体,我一般使用双向blast和位置共线性确认同源基因

3运行ParaAt, 生成适合kaks_calculator的比对文件

[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
perl ParaAT.pl -h homology.txt -n Gossypium_hirsutum_v1.1.cds.fa -a Gossypium_hirsutum_v1.1.pep.fa -p proc -o output -f axt
​
cat ./output/Gh*.axt > merge.axt



4 把merge.axt导入Kaks_calculator

[Shell] 纯文本查看 复制代码
./KaKs_Calculator -i ./output/merge.axt -o resut.txt #选择模型 -m NG
cut -f 1,2,3,4 resut.txt |awk '{print $0 "\t" $4/$3}' 则输出我们想要的kaks 



以下是结果
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
Sequence    Method  Ka  Ks  ka/ks
Gh_A05G1814-Gh_D05G2010 MA  0.00837366  0.0561099   0.0477362
Gh_A07G0594-Gh_D07G0661 MA  0.00227114  0.0353041   0.033033













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发表于 2018-1-16 10:32:59 | 显示全部楼层
请问我在用ParaAT时,日志文件显示:
Reading homologous groups from all.B_C_R.homolog: 8318 groups
Reading nucleotide sequences from all.cds: 59224 nucleotide sequences
Reading amino acid sequences from all.pep: 59224 amino acid sequences
Generating homologous group files for alignments: 0 from 8318 groups
Aligning amino acid sequences for 0 homologous groups:

Translating amino acid alignments into codon alignments:

Cleaning temporary files:

结果是空的,不知道为什么?
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 楼主| 发表于 2018-1-28 22:33:05 | 显示全部楼层
小浣熊0903 发表于 2018-1-16 10:32
请问我在用ParaAT时,日志文件显示:
Reading homologous groups from all.B_C_R.homolog: 8318 groups
Rea ...

我这儿能跑通的,要不你把你的数据截取一部分发我看看。不好意思,现在才看到。
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发表于 2018-1-30 11:20:38 | 显示全部楼层
zt1989 发表于 2018-1-28 22:33
我这儿能跑通的,要不你把你的数据截取一部分发我看看。不好意思,现在才看到。 ...

已经解决了,谢谢
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发表于 2018-8-14 16:25:00 | 显示全部楼层

您好 我遇到了和您一样的问题 请问您最后是怎样解决的?期待答复。
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