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CNV的临床意义

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发表于 2017-6-15 16:44:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
导读

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1kb以上的基因组大片段拷贝数的增加或减少,主要表现为亚显微水平的缺失或重复。这种变异既有个体的正常多态性变异,也有致病性的变异[1]。目前,按照CNV是否致病可分为致病性CNV、非致病性CNV和不明临床意义CNV。对于如何解读检测出的CNV临床意义,长期困扰着临床医生。


1拷贝数变异概念


拷贝数目变异也称拷贝数目多态,是一种长度大于1kb的DNA片段的变异,在人类基因组中广泛分布,CNV位点的突变率远高于SNP(Single nucleotide polymorphism),是人类疾病的重要致病因素之一。

2检测方法


目前全基因组检测方法主要有微阵列比较基因组杂交(Array CGH)和最新的基于高通量测序技术的染色体异常检测(NGS染色体异常检测)。

两种技术相比较:由于Array CGH是在已知探针前提下进行检测,所以无法检测出未知的CNV;成本偏高,受检者负担较重;而NGS染色体异常检测为最新的CNV检测技术,对样本要求较低,能发现更多的新变异CNV,在国内临床已得到广泛应用。

关于检测出CNV的遗传咨询,是目前临床医生的一个难点,特别是对于不明临床意义的CNV。希望通过以下两篇关于CNV解读的文章为临床医生的遗传咨询提供参考,以便更好的与患者及其家属沟通。


第一步:
得到CNV结果,与序列数据库进行比对,能比对到数据库中,人群分别频率n≥1%,说明CNV为人群中比较常见多态性即非致病性CNV。对于没有比对到数据库中的结果进行下一步;

第二步:与基因组变异数据库(Database of Genomic Variants)比对,数据库中出现正常次数n≥3,表明CNV为正常多态性即非致病性CNV。针对n<3的CNV进行下一步;

第三步:与已知微缺失微重复综合征比对,能比对到综合征的CNV既致病性CNV。其它进行下一步;

第四步:进一步看CNV涉及区域中是否包含重要功能基因,不包含基因或重要功能性基因的即为非致病性CNV;包含重要功能性基因进行下一步;

第五步:在网上数据库和文献中进行搜索:CNV与疾病案例存在片段相同或包含该片段,且临床表型相似的CNV即致病性CNV;假如没有重叠区域或有重叠但表型不一致,即为不明临床意义CNV。


因此把CNV解读结果分为3类,非致病性CNV、致病性CNV和不明临床意义CNV。




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