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TCGA教程大合集:不会编程是常态,但挡不住努力前行的临...

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发表于 2017-6-17 14:00:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
我觉得这些帖子真好,应该让更多的人看到。
虽然我现在有了自己的服务器,但是我觉得:
临床医生所理解的生信分析仅仅是数据库的使用,即使是数据库,大部分孩子也是知之甚少。
2年前跟生信相关的公众号并不多,之后如以后春笋,但是数据库使用的比较好而且介绍的好的,我认为只有两个人:
  • 一个是实验万事屋的右哉,
  • 一个是二军大的郭猛老师。
注意,我说的是用得好并且讲得好,二者兼备的人不多,比如右哉,不介绍就是神人,比如郭大侠,本身就身在临床,当然知道临床医生的痛点,讲起来也是手起刀落,干净利索。后来,小张聊科研势头越来越猛,但是他们都是学院派,能全程跟得上节奏的孩子并不够多。
我的印象笔记里面大概有11283条笔记(截止到2017年6月16日早上9点),其中大部分是我收藏的帖子,以前我都是晚上一个人躲在被窝里面看,好消息是,x现在全平台的帖子都可以超链接了,作为靠看帖起家的我,今天把那些看过的TCGA相关的优质片源,合盘拖出(这些帖子应当被更多人知道,要不然你们都不知道这个领域的开山怪是谁):
看一个万事屋2015年6月25日对cBioPortal的介绍,那时你在干嘛呢?
挖坟神器:TCGA的影分身
再看看郭大侠一天之内如何挖掘4个TCGA数据库的
基于TCGA蛋白芯片数据的分析神器
如何从茫茫文献中挖掘出神器
那一天我找到了基于TCGA的长链非编码神器Tanric,但是我并没有写贴
这是之后出现的Tanric帖子
lncRNA功能研究神器:TANRIC数据库
lncRNA研究利器之”TANRIC”:一个探索癌症中lncRNA功能的交互式开放平台
对于TCGA数据,生存分析是刚需,在Twitter上无意间发现了OncoLnc,
生存曲线这种东西,还是用别人的好
懒人怎么做肿瘤病人的生存分析?
而如果你关注生信技能树这个公众号,你会发现还有一个神帖
都可以批量做生存分析了,还要网页工具干嘛?
说了这么多加入你还没有分子,可以尝试一下这里的方法:
如何在不懂生信的前提下挖掘别人的数据?
oncomine是我的启蒙老师,需要教育邮箱,我想大部分孩子都没有想过去申请一个,而我可能是全校少数的申请者,当时管理员都忘了如何开通,眼神特别惊讶,而我的启蒙帖子是这样的
还愁什么?前期工作就这么设计!
假如你不会系统地挖掘数据可以看看这个:
这是一个学生学习后的成果:
盗墓笔记——如何用万事屋给的神器,不做实验挖掘乳腺癌相关标记基因?
下面这个帖子意义重大,是郭猛老师的GEO课程,我认为这个可能是全网第一个大规模公开的GEO视频,是我R语言的入门老师,当时我赞赏了50块,之后又系统的学习了生信技能树群主的课程,特别好。
GEO芯片数据下载与分析技巧(视频版)
可能R语言有点不适应,你可以尝试用去年我给出的方案:
代码芯片分析图文教程:每个人都可以做一做的生信第1题
如果你对上面的都不感兴趣,试一下这个,这是我认为目前最好的TCGA可视化数据库,而我是全网第一个写帖子推荐的
中国制造:碉堡的TCGA可视化网站GEPIA
在这之前,我觉得看一下这个帖子是有益于身心健康的:
课题设计:收不完的病人查不完的房,临床医生如何快速地设计一个靠谱的课题?
如果你觉得不过瘾,下个星期我会整理出一个更长的关于数据库使用的帖子(包括但不仅限于TCGA),发表在生信技能树上,从那之后,你就可以高枕无忧地做大师兄了。
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发表于 2017-6-18 09:22:00 | 显示全部楼层
谢谢,您的分享,总是给人耳目一新的感觉
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 楼主| 发表于 2017-6-18 17:32:16 | 显示全部楼层
泥土 发表于 2017-6-18 09:22
谢谢,您的分享,总是给人耳目一新的感觉

常来玩,欢迎补充分享。
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发表于 2017-6-18 21:03:47 | 显示全部楼层
赞赞赞,你永远青春。啦啦啦
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 楼主| 发表于 2017-6-19 11:41:39 | 显示全部楼层
学习最快乐 发表于 2017-6-18 21:03
赞赞赞,你永远青春。啦啦啦

我的大王,常来玩呀。
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发表于 2017-10-7 15:36:54 | 显示全部楼层
挡不住我果子哥进步的脚步
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