TCGA教程大合集：不会编程是常态，但挡不住努力前行的临...

果子 · 发表于 2017-6-17 14:00:21

我觉得这些帖子真好，应该让更多的人看到。
虽然我现在有了自己的服务器，但是我觉得：

临床医生所理解的生信分析仅仅是数据库的使用，即使是数据库，大部分孩子也是知之甚少。

2年前跟生信相关的公众号并不多，之后如以后春笋，但是数据库使用的比较好而且介绍的好的，我认为只有两个人：

一个是实验万事屋的右哉，
一个是二军大的郭猛老师。

注意，我说的是用得好并且讲得好，二者兼备的人不多，比如右哉，不介绍就是神人，比如郭大侠，本身就身在临床，当然知道临床医生的痛点，讲起来也是手起刀落，干净利索。后来，小张聊科研势头越来越猛，但是他们都是学院派，能全程跟得上节奏的孩子并不够多。
我的印象笔记里面大概有11283条笔记（截止到2017年6月16日早上9点），其中大部分是我收藏的帖子，以前我都是晚上一个人躲在被窝里面看，好消息是，x现在全平台的帖子都可以超链接了，作为靠看帖起家的我，今天把那些看过的TCGA相关的优质片源，合盘拖出（这些帖子应当被更多人知道，要不然你们都不知道这个领域的开山怪是谁）：
看一个万事屋2015年6月25日对cBioPortal的介绍，那时你在干嘛呢？
挖坟神器：TCGA的影分身

再看看郭大侠一天之内如何挖掘4个TCGA数据库的
基于TCGA蛋白芯片数据的分析神器
如何从茫茫文献中挖掘出神器

那一天我找到了基于TCGA的长链非编码神器Tanric，但是我并没有写贴
这是之后出现的Tanric帖子
lncRNA功能研究神器：TANRIC数据库
lncRNA研究利器之”TANRIC”：一个探索癌症中lncRNA功能的交互式开放平台

对于TCGA数据，生存分析是刚需，在Twitter上无意间发现了OncoLnc，
生存曲线这种东西，还是用别人的好
懒人怎么做肿瘤病人的生存分析？

而如果你关注生信技能树这个公众号，你会发现还有一个神帖
都可以批量做生存分析了，还要网页工具干嘛？

说了这么多加入你还没有分子，可以尝试一下这里的方法：
如何在不懂生信的前提下挖掘别人的数据？

好烦！又要给你们推荐神器了……
我就是用这神器随便挖一个TCGA
福利就在今日-oncomine的用法

oncomine是我的启蒙老师，需要教育邮箱，我想大部分孩子都没有想过去申请一个，而我可能是全校少数的申请者，当时管理员都忘了如何开通，眼神特别惊讶，而我的启蒙帖子是这样的
还愁什么？前期工作就这么设计！

假如你不会系统地挖掘数据可以看看这个：
这是一个学生学习后的成果：
盗墓笔记——如何用万事屋给的神器，不做实验挖掘乳腺癌相关标记基因？
下面这个帖子意义重大，是郭猛老师的GEO课程，我认为这个可能是全网第一个大规模公开的GEO视频，是我R语言的入门老师，当时我赞赏了50块，之后又系统的学习了生信技能树群主的课程，特别好。
GEO芯片数据下载与分析技巧（视频版）

可能R语言有点不适应，你可以尝试用去年我给出的方案：
代码芯片分析图文教程：每个人都可以做一做的生信第1题

如果你研究甲基化，看看这个两个
基因甲基化和表达如何实现一站式查询？
这是一款有毒的神器网址[url]http://mexpress.be/[/url]

如果你对上面的都不感兴趣，试一下这个，这是我认为目前最好的TCGA可视化数据库，而我是全网第一个写帖子推荐的
中国制造:碉堡的TCGA可视化网站GEPIA

在这之前，我觉得看一下这个帖子是有益于身心健康的：
课题设计：收不完的病人查不完的房，临床医生如何快速地设计一个靠谱的课题？

如果你觉得不过瘾，下个星期我会整理出一个更长的关于数据库使用的帖子（包括但不仅限于TCGA），发表在生信技能树上，从那之后，你就可以高枕无忧地做大师兄了。

[size=0em]