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shiny-server安装,报错处理与端口转发

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发表于 2017-6-24 23:33:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 qin_qinyang 于 2017-6-24 23:58 编辑

一. 安装
安装参考了anlan的Shiny-server安装及初步使用
操作系统:ubuntu 15.10
1. 安装 R

        sudo apt-get update
        sudo apt install r-base
2. 安装 Rstudio-server
        sudo apt-get install gdebi-core
        sudo apt-get install libapparmor1
        wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.143-amd64.deb
        sudo gdebi rstudio-server-1.0.143-amd64.deb

3. 安装shiny包和rmarkdown包
      sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
       sudo su - -c "R -e \"install.packages('rmarkdown', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

4.设置权限   
        sudo groupadd shiny-apps
        sudo usermod -aG shiny-apps shiny
        sudo chmod g+w /srv/shiny-server
        sudo chmod g+s /srv/shiny-server

5.下载官网事例文件到/srv/shiny-server中
git clone https://github.com/rstudio/shiny-examples.git
6.运行程序
http://ip:3838/shiny-examples/(ip是你服务器的ip地址)

二. 报错

1. 没有正确安装png插件

sudo apt-get install libpng12-dev
进入R:
capabilities()
jpeg      png     tiff    tcltk      X11     aqua http/ftp  sockets
TRUE     TRUE     TRUE     TRUE    FALSE    FALSE     TRUE     TRUE  
libxml     fifo   cledit    iconv      NLS  profmem    cairo     
TRUE     TRUE    FALSE     TRUE     TRUE    FALSE     TRUE
2. 进入R后,运行, shinyAppDir("/srv/shiny-server/shiny-examples/001-hello/"),可以出现运行结果,但是在浏览器中输入192.168.1.135:3838(你服务器的ip地址)后出现:
ERROR: An error has occurred. Check your logs or contact the app author for clarification.


处理:同上没有正确安装png插件。或者没有安装相对应运行需要载入的包,如clusterprofiler,安装命令必须是下面。
使用install.packages("ggplot2")安装,是将ggplot2包安装下当前登录用户的个人library中,最终shiny-server是无法运行。


sudo su - -c "R -e \"source('http://bioconductor.org/biocLite.R'); biocLite('clusterProfiler')\""
sudo su - -c "R -e \"install.packages('ggplot2', repos='https://cran.rstudio.com/')\""


三. 端口转发

如果你的电脑是内网IP,但是你需要用外网访问,需要设置路由器进行端口转发。
1. 在ubuntu系统终端使用ifconfig,获得内网IP。例如:
192.168.1.135
2. 一般系统默认的端口号是22,也可以自己在etc/ssh/sshd.conf里面设置。
3. 进入路由器,添加转发规则如下,然后就可以远程访问了。


file:///var/folders/cj/r25yg55s1kd5gvpsg0_s5jph0000gn/T/WizNote/bc8a34bc-f6c2-46f9-b905-5a3c5a330948/index_files/84562858.png




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