shiny-server安装,报错处理与端口转发

qin_qinyang

一. 安装
安装参考了anlan的Shiny-server安装及初步使用 ：
操作系统：ubuntu 15.10
1. 安装 R
        sudo apt-get update
        sudo apt install r-base
2. 安装 Rstudio-server
        sudo apt-get install gdebi-core
        sudo apt-get install libapparmor1
        wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.143-amd64.deb
        sudo gdebi rstudio-server-1.0.143-amd64.deb
3. 安装shiny包和rmarkdown包
      sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
       sudo su - -c "R -e \"install.packages('rmarkdown', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
4.设置权限   
        sudo groupadd shiny-apps
        sudo usermod -aG shiny-apps shiny
        sudo chmod g+w /srv/shiny-server
        sudo chmod g+s /srv/shiny-server
5.下载官网事例文件到/srv/shiny-server中
git clone https://github.com/rstudio/shiny-examples.git
6.运行程序
http://ip:3838/shiny-examples/（ip是你服务器的ip地址）
二. 报错
1. 没有正确安装png插件

sudo apt-get install libpng12-dev
进入R：
capabilities() jpeg      png     tiff    tcltk      X11     aqua http/ftp  sockets
TRUE     TRUE     TRUE     TRUE    FALSE    FALSE     TRUE     TRUE  
libxml     fifo   cledit    iconv      NLS  profmem    cairo     
TRUE     TRUE    FALSE     TRUE     TRUE    FALSE     TRUE
2. 进入R后，运行, shinyAppDir("/srv/shiny-server/shiny-examples/001-hello/"),可以出现运行结果，但是在浏览器中输入192.168.1.135:3838（你服务器的ip地址）后出现：
ERROR: An error has occurred. Check your logs or contact the app author for clarification.

处理：同上没有正确安装png插件。或者没有安装相对应运行需要载入的包，如clusterprofiler,安装命令必须是下面。
使用install.packages("ggplot2")安装，是将ggplot2包安装下当前登录用户的个人library中，最终shiny-server是无法运行。

sudo su - -c "R -e \"source('http://bioconductor.org/biocLite.R'); biocLite('clusterProfiler')\""
sudo su - -c "R -e \"install.packages('ggplot2', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

三. 端口转发
如果你的电脑是内网IP，但是你需要用外网访问，需要设置路由器进行端口转发。
1. 在ubuntu系统终端使用ifconfig，获得内网IP。例如：
192.168.1.135
2. 一般系统默认的端口号是22，也可以自己在etc/ssh/sshd.conf里面设置。
3. 进入路由器，添加转发规则如下，然后就可以远程访问了。

file:///var/folders/cj/r25yg55s1kd5gvpsg0_s5jph0000gn/T/WizNote/bc8a34bc-f6c2-46f9-b905-5a3c5a330948/index_files/84562858.png