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[other] 转录组入门(1):计算机资源的准备

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发表于 2017-6-25 23:17:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
转录组入门(1):计算机资源的准备
最好是有mac或者linux系统,8G+的内存,500G的存储即可。
如果你是Windows,那么安装必须安装 git,notepad++,everything,还有虚拟机,在虚拟机里面安装linux,最好是ubuntu。不过,如果是Windows10无,须虚拟机安装Ubuntu的,教程,http://www.linuxidc.com/Linux/2016-04/130016.htm

需要安装的软件包括 sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio软件安装代码见:http://biotrainee.com/jmzeng/RNA ... E81916-two-group.sh
如果能力不够,请不要修改我的代码,初学者先按照我的风格来。自己慢慢体会总结,再变换。
  
软件安装的代码,在生信技能树公众号后台回复老司机即可拿到。
生物信息中70%的报错,都跟软件没安装好有关,主要是环境变量不对、版本不对,这东西很复杂、很乱,所以建议大家尽可能用 conda 安装软件,这样是环境是整齐的。
刚刚整理了下,都有,可以一行安装
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda install -c bioconda samtools=1.5
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1

bioconda唯一的问题就是网络问题  ,如果有国内镜像源 就非常完美了 ! 所有的软件都是可以去查询:https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes


进阶作业,每个软件都收集一个中文教程链接,并自己阅读,发在论坛里面。
这个是优秀作业,请大家向他学习:http://www.biotrainee.com/thread-1796-1-1.html
写清楚自己是如何安装软件的,初学者体验,慢慢进步






上一篇:perl第5题,代码全注释(抛砖引玉)--06(基因结构探索)
下一篇:转录组入门(2):读文章拿到测序数据
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-7-5 14:56:04 | 显示全部楼层
使用conda安装hisat2时有这样的错误,查不到怎么解决,不知是否有人了解呢?

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发表于 2017-7-1 22:17:07 | 显示全部楼层
V5V5V5V5V5
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发表于 2017-7-3 17:00:01 | 显示全部楼层
## Download and install fastqc
cd ~/biosoft
mkdir fastqc &&  cd fastqc
wget http://www.bioinformatics.bbsrc. ... /fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip
访问网站被拒绝了....没安装成功
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发表于 2017-7-5 15:01:48 | 显示全部楼层
安装完fastqc之后,运行显示以下出错信息:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
/home/alexjia/biosoft/miniconda2/bin/java: 1: /home/alexjia/biosoft/miniconda2/bin/java: Syntax error: end of file unexpected (expecting ")")

不知道为什么
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发表于 2017-7-5 16:47:10 | 显示全部楼层
conda有国内镜像conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
想问下楼主如果没有全部用conda装会出现什么问题吗?
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发表于 2017-7-5 21:07:42 | 显示全部楼层
蚊子 发表于 2017-7-5 14:56
使用conda安装hisat2时有这样的错误,查不到怎么解决,不知是否有人了解呢?

...

去掉版本号可以下载
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda install -c bioconda hisat2
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发表于 2017-7-6 10:14:58 | 显示全部楼层
mt831 发表于 2017-7-5 21:07
去掉版本号可以下载

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发表于 2017-7-21 11:45:35 | 显示全部楼层
额。。。第一部分全用了bioconda,经群里的同学指点,bioconda已经有国内的镜像源了(清华的镜像和教程),速度嗖嗖的。好了下面贴代码
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
##添加清华源镜像
conda config --add channels [url]https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/[/url]
##显示已添加的源镜像地址
conda config --set show_channel_urls yes

然后按照课程要求安装所有的软件
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda install -c bioconda samtools=1.5
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1

软件安装完成之后,使用 source activate +软件名就好了,如果用完这个软件要使用其他软件输入deactivate退出当前软件的环境。
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发表于 2017-7-28 14:23:28 | 显示全部楼层
公子不要脸 发表于 2017-7-21 11:45
额。。。第一部分全用了bioconda,经群里的同学指点,bioconda已经有国内的镜像源了(清华的镜像和教程), ...

我居然用conda 下载sratoolkit失败了哎~~~~
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