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blast2go本地化

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发表于 2017-6-29 23:41:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 anlan 于 2017-6-30 00:05 编辑

在蛋白组合或转录组,需要对差异蛋白或者差异基因进行功能注释
对于模式物种,有不少R包可以做,非常方便;但是对于非模式物种,或者说偏门物种,除了自己写脚本去mapping外,blast2go是一款不错的软件
但是blast2go主要分商业版和基础班,商业版有windows版本和服务器版本(能批量处理大数据,但贵),但是基础版只有window版本(免费,但慢)
所以将blast2go本地化后来使用是一个不错的选择,当时只能用blast2go 2.5版本,后续的版本已不支持本地化了(blast2go为了赚钱嘛),当然2.5版本用来单纯的注释还是够的

Blast2go本地化教程网上也有不少,但是都是13年之前的,由于最近有这个需求,我也重新收集了下资料,然后整理了下:
前期准备文件整理
新建一个目录blast2go(名字随意),解压上述文件,并将所有文件都放到blast2go目录下,然后cd到blast2go目录下,进行后续操作,文件总共有这几个:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
b2gdb.sql  
b2gdb.sql~  
gene2accession  
gene_info  
go_monthly-assocdb-data  
idmapping.tb
mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
导入数据库
  • 将b2gdb.sql导入mysql数据库,并添加几个表格(前提你有root权限,没有权限的话,请参照上面的参考文章)
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    mysql -u root -p password < b2gdb.sql
  • 创建mysql数据库的一个用户blast2go,密码为blast4it,方便后续调用这个数据库(我对数据库不熟悉,反正我照做了)
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    mysql -u root -p password -e "GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';"mysql -u root -p password -e "FLUSH PRIVILEGES;"
  • 接下来就是导入各个数据了
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    mysql -s -u root -p password b2gdb < go_monthly-assocdb-data  #这步耗时会很久
                    mysql -u root -p password b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE '/home/anlan/blast2go/gene2accession' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
                    mysql -u root -p password b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE '/home/anlan/blast2go/gene_info' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
  • 最后导入mapping数据(如果你b2gdb密码设置的不是blast4it,记得下面的命令也跟着改,后续的一些的配置文件中的b2gdb的密码也要跟着改)
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping /home/anlan/blast2go/idmapping.tb localhost b2gdb blast2go blast4it

测试
理论上,上述的步骤都没报错的话,下面的测试肯定没问题的
  • 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip,其实也是之后正式使用的执行文件
  • 修改配置文件b2gPipe.properties,如下:
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    // GO and B2G Data Access Basic
    Dbacces.dbname=b2gdb
    Dbacces.dbhost=your_ip:3306
    Dbacces.dbuser=blast2go
    Dbacces.dbpasswd=blast4it

    your_ip即为你的ip地址,如果你有root权限的话,安装mysql时默认是3306端口的,不是的话,需要改为你设置的端口
  • 运行自带的例子
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sh ./runPipeExample.sh

    结果会出现在当前目录下的result文件夹中,主要的也就是.dat和.annot两个文件了

注意:
  • 如果是go_monthly-assocdb-data数据导入时卡了或者异常退出了,需要重新导入的话,只要重新执行下命令就行了
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    mysql -s -u root -p password b2gdb < go_monthly-assocdb-data
  • 如果是gene2accession和gene_info异常退出的话,需要先将mysql里面的对应的表格删除后,才能重新执行命令
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    mysql> use b2gdb;mysql> truncate table gene2accession;mysql> truncate table gene_info;
  • 如果是idmapping.tb异常退出的话,需要删除的表格是gi2uniprot,然后再重新执行命令
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    mysql> use b2gdb;mysql> truncate table gi2uniprot;


方便阅读,贴个有道笔记链接http://note.youdao.com/noteshare ... 58dd17fead155737276

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发表于 2018-11-22 11:51:55 | 显示全部楼层
官网地址404了,可以求一份blast2go 2.5 吗?
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