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[network-analysis] lncRNA鉴定中CNCI的使用

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发表于 2017-7-1 11:19:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
先说说我的心路历程:
1.cufflinks转录本构建
2.cuffmerge转录本合并
3.coffcompare转录本评估
4.CNCI长非编码RNA鉴定
那么问题就来了:我用CNCI后得到transcript_id是“TCONS_00001713” 怎么对应到相应的gene_name???
有在做lncRNA盆友么?

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发表于 2017-7-2 19:36:22 | 显示全部楼层
相应的基因name 是XLOC_为首的ID, cufflink的gtf文件应该已经给出了。
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发表于 2017-7-13 15:45:15 | 显示全部楼层
我用的是三代转录组的数据鉴定lncRNA
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 楼主| 发表于 2017-7-13 16:26:42 | 显示全部楼层
Andy123 发表于 2017-7-13 15:45
我用的是三代转录组的数据鉴定lncRNA

用什么软件的?
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发表于 2017-7-13 16:28:38 | 显示全部楼层

PLEK   有一篇关于玉米的三代转录组数据就是用的这个软件
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