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repeatscout第三步没有输出结果如何解决?

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发表于 2017-7-3 08:35:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
用repeatScout对一个物种进行do nevo 重复序列预测注释,不过在运行到第三部过滤的时候没有输出结果,求教各位大神,该如何解决?
#build frequency table
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
build_lmer_table -sequence input_genome_sequence.fas -freq output_lmer.frequency

#create fasta file containing all kinds of repeats
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
RepeatScout -sequence input_genome_sequence.fas -output output_repeats.fas  -freq output_lmer.frequency

#filter out short (<50bp) sequences
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
filter-stage-1.prl output_repeats.fas > output_repeats.fas.filtered_1


就是倒在了这一步。。。关于这个问题,查了好多网站以及更换了几个安装版本,都解决不了。
后来我看了@健明的博客,发现他也有同样的问题。重复序列屏蔽第二讲-用repeatscount来构建重复序列文库
所以,这应该是一个共性的问题,不知道大家有没有解决的方法,谢谢。



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