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[other] 转录组入门(1)Mac上软件准备作业

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发表于 2017-7-6 09:21:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 一只聋了的青蛙 于 2017-7-6 09:23 编辑

conda安装:https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567
论坛内使用conda安装sratoolkit的两种代码:
conda install -c jfear sratoolkit;
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1
在Mac上均有问题。
appledeMacBook-Air:~ pipiliaoping$ conda install sratoolkit
Fetching package metadata ...............
PackageNotFoundError: Package missing in current osx-64 channels:
  - sratoolkit
Close matches found; did you mean one of these?
    sratoolkit: cudatoolkit, tetoolkit, sra-tools

解决方法:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools
更换代码即可:
conda install -c bioconda sra-tools=2.8.1   

其他的安装与论坛介绍一致。
输入conda list即可检测已安装的软件。





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发表于 2017-7-6 17:31:05 | 显示全部楼层
求助,我按照论坛的方法安装hisat2,总是出现错误,楼主你的有问题吗?谢谢
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 楼主| 发表于 2017-7-6 17:49:43 | 显示全部楼层
zyj2017 发表于 2017-7-6 17:31
求助,我按照论坛的方法安装hisat2,总是出现错误,楼主你的有问题吗?谢谢 ...

没有出现问题,你Google一下吧,我的只有sratoolkit安装报错,Google解决的
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发表于 2017-7-7 08:30:22 | 显示全部楼层
好的,谢谢
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发表于 2017-7-28 14:53:38 | 显示全部楼层
为啥我连miniconda都装不上

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 楼主| 发表于 2017-7-28 15:49:58 | 显示全部楼层
桃仙姑 发表于 2017-7-28 14:53
为啥我连miniconda都装不上

报错提示说没有找到你下载的miniconda文件。
(1)确认你下载miniconda的路径;
(2)cd到该路径,然后bash。
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发表于 2017-7-29 06:55:14 | 显示全部楼层
一只聋了的青蛙 发表于 2017-7-28 15:49
报错提示说没有找到你下载的miniconda文件。
(1)确认你下载miniconda的路径;
(2)cd到该路径,然后bas ...

哦哦,谢谢,我放在下载或桌面里了。你一般放在哪里呢
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发表于 2017-8-7 16:58:08 | 显示全部楼层
请问楼主 conda install -c bioconda sra-tools=2.8.1 , -c是什么意思啊 我直接 conda install sra-tools好像也可以啊
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发表于 2017-10-16 09:58:07 | 显示全部楼层
我用你的方法下载到一半给我报了个连接不上错误。
我安装sratoolkit 的方法
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
ruby -e “$(curl -fsSL [url]https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install[/url])”
brew install wget
brew tap homebrew/science
brew install sratoolkit
基因组,转绿组,肿瘤信息,生物统计,Python, Linux.
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发表于 2018-5-2 14:03:16 | 显示全部楼层
请问,mac系统下,我用annocoda安装这些软件,conda list里面都存在,只是htseq和sra-tools查看版本的时候却显示
localhost:~ apple$ htseq --version
-bash: htseq: command not found;
应该怎么解决一下呢?
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