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[CHIP-seq] NGS的硕士毕业论文

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发表于 2017-7-10 10:08:29 | 显示全部楼层 |阅读模式
我看到一个GSE数据 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE87623 很诡异,没有PUBMED的ID。
就搜索了一下题目,原来是硕士毕业论文。
https://open.library.ubc.ca/cIRc ... /24/items/1.0343377
实验设计很精简,但是做了不少的数据:
We describe the distribution of 5mC, 5hmC H3K4me1, H3K4me3, H3K27ac, Runx1 and PU.1 as well as the transcriptional profile of HOXA9 immortalized mouse bone marrow cells expressing IDH1 R132H mutant (and IDH1 wt for medip/hmedip)
我没有去仔细看论文本身,但是这个实验设计我觉得非常赞,不节外生枝,规规矩矩的说明一个问题即可。

综合了几类NGS数据:


GSM2335662wt_unt_meDIPSeq
GSM2335663wt_vitc_meDIPSeq
GSM2335664mut_unt_meDIPSeq
GSM2335665mut_vitc_meDIPSeq
GSM2335666mut_unt_hmeDIPSeq
GSM2335667mut_vitc_hmeDIPSeq
GSM2335668mut_unt_H3K4me1
GSM2335669mut_vitc_H3K4me1
GSM2335670mut_unt_H3K4me3
GSM2335671mut_vitc_H3K4me3
GSM2335672mut_unt_H3K27ac
GSM2335673mut_vitc_H3K27ac
GSM2335674mut_unt_hchip_input
GSM2335675mut_vitc_hchip_input
GSM2335676mut_unt_pu1
GSM2335677mut_vitc_pu1
GSM2335678mut_unt_runx1
GSM2335679mut_vitc_runx1
GSM2335680mut_unt_tfchip_input
GSM2335681mut_vitc_tfchip_input
GSM2335682mut_unt_rnaSeq
GSM2335683mut_vitc_rnaSeq
GSM2335684mut_unt_wgbs
GSM2335685mut_vitc_wgbs





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发表于 2018-5-10 13:33:21 | 显示全部楼层
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