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[coding] 求python大神指导如何写python脚本实现序列筛选

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发表于 2017-7-12 22:36:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
我把三代全长转录本用blastn比对到NONCODE数据库,想将比对上的序列和未比对上的序列分别筛选出来,我想最低覆盖为85%,min-dientity=90%,e-value<=1e-10就算比对上的序列,用python该如何写脚本呢。这是我用blastn比对的结果

这是我blastn比对的部分结果截图

这是我blastn比对的部分结果截图
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 楼主| 发表于 2017-7-13 10:22:17 | 显示全部楼层
上面的截图是我blastn比对的部分结果截图,完整的文件在附件里,blastn结果一共有12列,就和截图上的一样,从左至右分每一列分别是Query id,   Subject id,   %identity,    alignment length,    mismatches,    gap openings,    q.start,    q.end,    S.start,     S.end,      e-value,   bit score     
B6DF40AA-63D7-48B1-AA36-04A30FD62188.png

xiaomi.blastn.rar

205.99 KB, 下载次数: 10

这是我blastn的比对结果文件,打开以后从左至右分每一列分别是Query id, Subject id, %identity, al ...

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 楼主| 发表于 2017-7-12 22:38:27 | 显示全部楼层
求大神给小白一点指导,也去自学了一下python,但要用于实践任然是没有头绪,不知道从何入手
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发表于 2017-7-13 08:36:31 | 显示全部楼层
我觉得上面的内容,你可能需要学习下Python的文件操作,怎么读取文件内容,把文件内容一行一行的读取,然后按照空格或者tab进行分割列,然后学习下if 判断语句,把你需要的条件用if语句写出来,把想要的结果过滤出来。
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发表于 2017-7-13 08:55:47 | 显示全部楼层
我建议你提供一个demo文件,让我能写代码测试
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发表于 2017-7-13 09:01:16 | 显示全部楼层
只想最低覆盖为85%,min-dientity=90%,e-value<=1e-10就算比对上的序列非常简单呀,单行命令即可,你给一个测试文件,然后每一列是上面你得说清楚,分分钟写好给你
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-7-13 10:07:31 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-7-13 09:01
只想最低覆盖为85%,min-dientity=90%,e-value

我的文件好像上传不了
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 楼主| 发表于 2017-7-13 10:25:48 | 显示全部楼层
hoptop 发表于 2017-7-13 08:55
我建议你提供一个demo文件,让我能写代码测试

回复的时候好像不能发送文件,我在下面新开了一楼,把文件压缩放在那里了
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 楼主| 发表于 2017-7-13 10:27:44 | 显示全部楼层
l0o0 发表于 2017-7-13 08:36
我觉得上面的内容,你可能需要学习下Python的文件操作,怎么读取文件内容,把文件内容一行一行的读取,然后 ...

python的文件操作都看了,可是具体写筛选条件的时候不知道怎么写
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发表于 2017-7-13 15:27:57 | 显示全部楼层
文件打不开, 你还是发我邮箱吧 xuzhougeng@163.com
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