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如果需要同时比对多个参考基因组

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发表于 2017-7-14 13:14:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
大多数的生物不是孤立存在的,甚至无法单独提取单纯的一个物种的DNA,所以测序必然是多物种DNA混杂的。
这样的序列跟人类研究不一样,尤其是比对的时候需要合并多种物种的参考基因组。
仅仅是合并可能还不够,因为物种的参考基因组有相似片段,所以需要优化比对参数。
看一看这篇文章吧:Aligner optimization increases accuracy and decreases compute times in multi-species sequence data

http://mgen.microbiologyresearch ... /mgen.0.000122#tab2
了解一下原理



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你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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