转录组作业（一）：来自零基础的小白

空格键在末尾

1.首先是安装软件的环境准备（适用于windows7 64位系统）
  （1）虚拟机方案：在Windows7中装虚拟机，虚拟机有32位和64位的，我们选择64位。因为后面需要安装的软件很多都是64位，保持一致。
  a.下载VMware,百度一下VMware下载，直接安装即可，安装很简单，安装会出现需要注册码和试用版，注册码参考链接①有提到，建议先选择试用版的，有效期还是挺久的。（或者官网下载：http://www.vmware.com）
  b.下载Ubuntu系统，官网下载链接:https://www.ubuntu.com/download/alternative-downloads，有三个版本，每个版本分为桌面版和服务器版，各个版本又分为32位和64位，我们选择64位的桌面版即可。下载的文件为种子文件，需要用迅雷打开，打开后为ISO印象文件。（建议把迅雷打开的种子文件放在桌面，方便后面寻找与安装）
  c.打开安装好的VMware软件，选择创建虚拟机。直接参考下面的三个链接安装，三个都必须看。（简略流程为：自定义>下一步>直到出现“稍后安装操作系统”选中它，点击下一步>出现系统选择，上面选择linux，下面选择Ubuntu64，点击下一步>出现安装位置，建议专门建个文件夹放此系统，点击下一步>出现处理器和内存配置，直接默认，点击下一步>网络类型，默认设置即可，点击下一步>直到出现“将虚拟磁盘储存为单个文件”，选中它，点击下一步>中途一直下一步，直到出现“自定义硬件”，点击它，进入设置界面，左边选中“新CD/DVD（SAT...）”，右边连接，选中“使用ISO印象文件”，然后浏览找到前面你放桌面那个ISO印象文件，最后点击下面关闭即可>选择“完成”即可>然后在VMware中找到你刚才添加的Ubuntu系统，选择“开启此虚拟机”，等几分钟就进入ubuntu安装界面了>点击右边的安装ubuntu>出现安装中下载更新和安装这个第三方软件，不用管，点击最下面的继续>出现“清除整个磁盘并安装ubuntu”，直接点击下面的继续安装，然后出现“改动..”点击继续>出现一个地图（默认的shanghai），如果下面的位置是空的，选中国出现shanghai即可，点继续>语言选择，左边和右边都选择Chinese，点击继续>用户名和密码设置,自己设置吧，推荐选择自动登录>进入安装界面，时间有点久，等待即可>出现重启生效，直接点击即可（只是这个虚拟机系统重启，而不是你电脑重启，不用担心其他的）>重启后久进入Ubuntu桌面了>安装成功）
参考链接①：http://blog.csdn.net/Joyhen/article/details/48314263（简略安装说明，VMware注册码）
参考链接②：http://blog.csdn.net/wumumang/article/details/54099997（比较详细安装说明，缺点就是安装会出现故障）
参考链接③：http://jingyan.baidu.com/article ... s=0&showimg=1&rst=2（故障解决方案）
  （2）Windows+Ubuntu双系统安装方案：有两种方法，easyBCD引导法和u盘安装法，推荐u盘安装法。
参考链接①：http://jingyan.baidu.com/article/76a7e409bea83efc3b6e1507.html
参考链接②：http://blog.csdn.net/yushaopu/article/details/52277062
安装中可能会遇到的问题：选择分区，显示空闲分区不够用，无法进行下一步的双系统安装。
原因：可能是选择了Windows系统的最后一个F盘
解决方法：分区选择Windows系统中间的D盘或者E盘
解决方法链接：
贴吧：http://tieba.baidu.com/p/2192963000（我用的就是选择Windows中间的盘分区解决的，其他未测试）
知乎：https://www.zhihu.com/question/23470377（有点复杂，不是很懂，未测试）
  上述方法二选一即可，从长远角度，建议选择第二种双系统法。
2.准备好环境后，便开始在Ubuntu系统中设置镜像
  这一步关乎你后面下载软件的下载速度。下面有三个链接，内容都不多，建议看看。
参考链接①：http://mirrors.ustc.edu.cn/help/ubuntu.html（图文版的设置过程，常用yun-idc，也可以通过最佳服务器选。ps关闭界面时会提示你更新，直接更新就好）
参考链接②：http://www.cnblogs.com/xionghj/p/4211417.html（非常推荐，很多便捷的建议）
参考链接③：http://www.cnblogs.com/xionghj/p/4211613.html（后面再看也行，讲开发工具的，新手可能看不懂，其实我也看不懂，大概看一下可以）
3.Ubuntu常用快捷键
  这里就提一个，Ubuntu终端打开的快捷方法（ Ctrl + Alt +T），因为很多命令都要在终端输入，肯定有小白装好系统没有找到终端，不知道去哪里输入命令。
  其他快捷命令见参考链接http://blog.csdn.net/lujianfeiccie2009/article/details/7521347
4.软件安装（conda命令安装）
  （1）Bioconda安装：要使用conda命令，需要先安装它。（官网https://bioconda.github.io）
a.进入官网后，找到安装包，右键它获得下载链接；
b.进入终端，输入：wget 安装包链接（前面有空格），回车运行；
c.输入bash 安装包文件名（直接在上一个命令运行完成后末尾可以直接复制，再重复一下，前面有空格）；
d.中途会出现：Do you approve the license terms?[yes/no]，输入yes；Do you wish the installer to prepend...[yes/no]，输入yes；
e.输入source ~/.bashrc；
f.添加频道，便于一些软件的安装，分别输入，如下：

conda config –add channels conda-forge

conda config –add channels defaults

conda config –add channels r

conda config –add channels bioconda

g.查看添加的频道：conda config –get channels
h.其他功能（如更新和卸载功能）见下面的两个链接：
参考链接①：https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567（这个链接讲的比较详细）
参考链接②：http://www.bio-info-club.com/?p=207（相对简单，但清楚明了，很容易理解）
（2）sratoolkit、fastqc、hisat2、samtools、htseq-count、R、Rstudio七个软件的安装
  conda安装的默认最新版软件，安装指定版本命令（conda install 软件名 =版本号），查看可选版本命令（conda search 软件名），这里只是简单提一下，不做深入介绍，只是便于小白理解conda命令。下面的一些命令取自于团长的任务帖子和青山屋主的作业帖子。
a.sratoolkit（官网：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software）
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1
b.fastqc（官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/）
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
c.hisat2（官网：http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml）
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
d.samtools（新官网：http://www.htslib.org/）
conda install -c bioconda samtools=1.5
e.htseq-count（官网：http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/install.html#installation-on-linux）
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
f.R（官网：https://cran.r-project.org/）
sudo yum install epel-release（ps这个sudo命令会提示输入系统管理员的密码，你输入时会什么都看不见，以为自己没有输入，实际上你已经输入了，只是没有像windows系统显示而已）
sudo yum install r
g.Rstudio（官网：https://www.rstudio.com/）
conda install rstudio
rstudio
5.一些重要的提醒
  安装软件过程中，下载速度都不是特别快，最好在安装过程中看看其他安装步骤，这样效率更好一点。
  另外，安装过程中会出现输入yes或者no的情况，一定记得去输入。
  conda命令比较方便，相对于其他命令，小白更容易理解与接受，而且这样安装，成功率都是非常高的。
  conda命令的详细内容，要做进一步了解，看看官网，读读相关书籍。
  如果看见有错误的地方，请回复我，我会及时改正的。

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【附加ubuntu安装R】
ubuntu上安装R,不推荐使用yum，如果你是第一次安装好系统再装软件，会让你下载很多工具，特别麻烦。很早就想发了，中途可能忘掉了，这下给补上。
这里给一篇16年12月份的ubuntu 16.04安装R的方法（大家找方法尽可能找最新的，看自己需要寻找吧）：
http://blog.csdn.net/wzgl__wh/article/details/53440607

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心得体会

  作为一个零基础的小白，讲讲最近的心得体会。
  7月不知道不觉已经过去了一半，本来计划从1号就跟着转录组的各位一起学习走的，无奈自己去了一个地方连网都没有，白天九点上班（但七点九起床吃饭坐公交），晚上八九点回去就刷刷转录组的微信交流群。我没打算让这样的日子继续持续下去。
后面回到学校后便开始第一次的任务，先在自己电脑上装虚拟机，把教程找到便一步一步开始做了，结果做到后面发现自己的电脑连VMware都安装不了，更别说安装虚拟机了。当天便去了网吧，运气好赶上网吧做活动，免费上网几天。去了网吧，便开始装虚拟机，第一次装64位的，遇到故障了，我没有直接去找办法，想着换成32位的试试，运气真好，32位的Ubuntu安装成功。我不会忘记团长说conda安装软件方便，于是我打开终端输入conda，发现没有此命令，原来还需要下载Bioconda后面便去装Bioconda，中途遇到一个命令：bash和sh，最开始自己输入的是bash发现没有成功，重新找了个教程，换成sh，还是有问题。于是我找师兄帮看看问题所在，后面又换成bash，成功安装了，之前应该是安装包名称没有写对。后面准备安装任务指定的软件，发现那些软件基本都是64位的，自己的虚拟机是32位，没有顺利安装好软件。这期间有一天中途从网吧出去了一下，回来发现自己的电脑已经关机了，只能重新装，也正好自己需要重新装64位虚拟机，发现之前的故障又跑出来了。这次找了解决方法，XX设置重启电脑生效，我当时就无语了，网吧重启电脑，真是有趣。后面果断回学校找其他办法，当时找到两种一是把自己电脑系统重新装回64位，安装虚拟机。二是装系统。本来出去找人装64windows，他说他不帮人装双系统了，后面还补刀，我们这里从来没有人来装Linux系统。无奈就自己回去装双系统。后面还有很多…这里就不提了。
  最后讲一下收获，那些看了很多遍的教程，现在不看也可以做了。还有很多不会很多不理解，所以还有很多要学要做。虽然现在自己不会的很多，但是慢慢学，一定能积累起来的。希望以后学习不迷茫不心急。好好加油吧。

anlan

熟能成巧，多玩几次就会了

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anlan 发表于 2017-7-17 23:36
熟能成巧，多玩几次就会了

嗯。继续加油。

青山屋主

赞楼主！

Bruce

安装 sratoolkit的时候


报错了。
应该是sra-tools。
你是这样的吗？

另外，
r应该是R。

桃仙姑

好赞啊

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青山屋主 发表于 2017-7-19 19:26
赞楼主！

很感谢你，你的教程非常详细非常丰富。借鉴了你很多经验，希望自己能顺利完成8次任务。

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桃仙姑 发表于 2017-8-7 16:35
好赞啊

共同进步。

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Bruce 发表于 2017-7-22 14:25
安装 sratoolkit的时候

我不知道你的命令和我的一样不，我加了版本号，没有遇到你这样的问题哦。