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[mRNA-seq] 转录组作业(一):来自零基础的小白

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发表于 2017-7-16 15:51:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 空格键在末尾 于 2017-7-16 16:56 编辑

1.首先是安装软件的环境准备(适用于windows7 64位系统)
  (1)虚拟机方案:在Windows7中装虚拟机,虚拟机有32位和64位的,我们选择64位。因为后面需要安装的软件很多都是64位,保持一致。
  a.下载VMware,百度一下VMware下载,直接安装即可,安装很简单,安装会出现需要注册码和试用版,注册码参考链接①有提到,建议先选择试用版的,有效期还是挺久的。(或者官网下载:http://www.vmware.com
  b.下载Ubuntu系统,官网下载链接:https://www.ubuntu.com/download/alternative-downloads,有三个版本,每个版本分为桌面版和服务器版,各个版本又分为32位和64位,我们选择64位的桌面版即可。下载的文件为种子文件,需要用迅雷打开,打开后为ISO印象文件。(建议把迅雷打开的种子文件放在桌面,方便后面寻找与安装)
  c.打开安装好的VMware软件,选择创建虚拟机。直接参考下面的三个链接安装,三个都必须看。(简略流程为:自定义>下一步>直到出现“稍后安装操作系统”选中它,点击下一步>出现系统选择,上面选择linux,下面选择Ubuntu64,点击下一步>出现安装位置,建议专门建个文件夹放此系统,点击下一步>出现处理器和内存配置,直接默认,点击下一步>网络类型,默认设置即可,点击下一步>直到出现“将虚拟磁盘储存为单个文件”,选中它,点击下一步>中途一直下一步,直到出现“自定义硬件”,点击它,进入设置界面,左边选中“新CD/DVD(SAT...)”,右边连接,选中“使用ISO印象文件”,然后浏览找到前面你放桌面那个ISO印象文件,最后点击下面关闭即可>选择“完成”即可>然后在VMware中找到你刚才添加的Ubuntu系统,选择“开启此虚拟机”,等几分钟就进入ubuntu安装界面了>点击右边的安装ubuntu>出现安装中下载更新和安装这个第三方软件,不用管,点击最下面的继续>出现“清除整个磁盘并安装ubuntu”,直接点击下面的继续安装,然后出现“改动..”点击继续>出现一个地图(默认的shanghai),如果下面的位置是空的,选中国出现shanghai即可,点继续>语言选择,左边和右边都选择Chinese,点击继续>用户名和密码设置,自己设置吧,推荐选择自动登录>进入安装界面,时间有点久,等待即可>出现重启生效,直接点击即可(只是这个虚拟机系统重启,而不是你电脑重启,不用担心其他的)>重启后久进入Ubuntu桌面了>安装成功)
参考链接①:http://blog.csdn.net/Joyhen/article/details/48314263(简略安装说明,VMware注册码)
参考链接②:http://blog.csdn.net/wumumang/article/details/54099997(比较详细安装说明,缺点就是安装会出现故障)
参考链接③:http://jingyan.baidu.com/article ... s=0&showimg=1&rst=2(故障解决方案)
  (2)Windows+Ubuntu双系统安装方案:有两种方法,easyBCD引导法和u盘安装法,推荐u盘安装法。
参考链接①:http://jingyan.baidu.com/article/76a7e409bea83efc3b6e1507.html
参考链接②:http://blog.csdn.net/yushaopu/article/details/52277062
安装中可能会遇到的问题:选择分区,显示空闲分区不够用,无法进行下一步的双系统安装。
原因:可能是选择了Windows系统的最后一个F盘
解决方法:分区选择Windows系统中间的D盘或者E盘
解决方法链接:
贴吧:http://tieba.baidu.com/p/2192963000(我用的就是选择Windows中间的盘分区解决的,其他未测试)
知乎:https://www.zhihu.com/question/23470377(有点复杂,不是很懂,未测试)
  上述方法二选一即可,从长远角度,建议选择第二种双系统法。
2.准备好环境后,便开始在Ubuntu系统中设置镜像
  这一步关乎你后面下载软件的下载速度。下面有三个链接,内容都不多,建议看看。
参考链接①:http://mirrors.ustc.edu.cn/help/ubuntu.html(图文版的设置过程,常用yun-idc,也可以通过最佳服务器选。ps关闭界面时会提示你更新,直接更新就好)
参考链接②:http://www.cnblogs.com/xionghj/p/4211417.html(非常推荐,很多便捷的建议)
参考链接③:http://www.cnblogs.com/xionghj/p/4211613.html(后面再看也行,讲开发工具的,新手可能看不懂,其实我也看不懂,大概看一下可以)
3.Ubuntu常用快捷键
  这里就提一个,Ubuntu终端打开的快捷方法( Ctrl + Alt +T),因为很多命令都要在终端输入,肯定有小白装好系统没有找到终端,不知道去哪里输入命令。
  其他快捷命令见参考链接http://blog.csdn.net/lujianfeiccie2009/article/details/7521347
4.软件安装(conda命令安装)
  (1)Bioconda安装:要使用conda命令,需要先安装它。(官网https://bioconda.github.io
a.进入官网后,找到安装包,右键它获得下载链接;
b.进入终端,输入:wget 安装包链接(前面有空格),回车运行;
c.输入bash 安装包文件名(直接在上一个命令运行完成后末尾可以直接复制,再重复一下,前面有空格);
d.中途会出现:Do you approve the license terms?[yes/no],输入yes;Do you wish the installer to prepend...[yes/no],输入yes;
e.输入source ~/.bashrc
f.添加频道,便于一些软件的安装,分别输入,如下:
conda config –add channels conda-forge
conda config –add channels defaults
conda config –add channels r
conda config –add channels bioconda
g.查看添加的频道:conda config –get channels
h.其他功能(如更新和卸载功能)见下面的两个链接:
参考链接①:https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567(这个链接讲的比较详细)
参考链接②:http://www.bio-info-club.com/?p=207(相对简单,但清楚明了,很容易理解)
(2)sratoolkit、fastqc、hisat2、samtools、htseq-count、R、Rstudio七个软件的安装
  conda安装的默认最新版软件,安装指定版本命令(conda install 软件名 =版本号),查看可选版本命令(conda search 软件名),这里只是简单提一下,不做深入介绍,只是便于小白理解conda命令。下面的一些命令取自于团长的任务帖子和青山屋主的作业帖子。
a.sratoolkit(官网:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1
b.fastqc(官网:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
c.hisat2(官网:http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
d.samtools(新官网:http://www.htslib.org/
conda install -c bioconda samtools=1.5
e.htseq-count(官网:http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/install.html#installation-on-linux
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
f.R(官网:https://cran.r-project.org/
sudo yum install epel-release(ps这个sudo命令会提示输入系统管理员的密码,你输入时会什么都看不见,以为自己没有输入,实际上你已经输入了,只是没有像windows系统显示而已)
sudo yum install r
g.Rstudio(官网:https://www.rstudio.com/)
conda install rstudio
rstudio
5.一些重要的提醒
  安装软件过程中,下载速度都不是特别快,最好在安装过程中看看其他安装步骤,这样效率更好一点。
  另外,安装过程中会出现输入yes或者no的情况,一定记得去输入。
  conda命令比较方便,相对于其他命令,小白更容易理解与接受,而且这样安装,成功率都是非常高的。
  conda命令的详细内容,要做进一步了解,看看官网,读读相关书籍。
  如果看见有错误的地方,请回复我,我会及时改正的。









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 楼主| 发表于 2017-8-10 08:38:34 | 显示全部楼层
【附加ubuntu安装R】
ubuntu上安装R,不推荐使用yum,如果你是第一次安装好系统再装软件,会让你下载很多工具,特别麻烦。很早就想发了,中途可能忘掉了,这下给补上。
这里给一篇16年12月份的ubuntu 16.04安装R的方法(大家找方法尽可能找最新的,看自己需要寻找吧):
http://blog.csdn.net/wzgl__wh/article/details/53440607
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 楼主| 发表于 2017-7-16 19:59:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 空格键在末尾 于 2017-7-16 20:09 编辑

心得体会

  作为一个零基础的小白,讲讲最近的心得体会。
  7月不知道不觉已经过去了一半,本来计划从1号就跟着转录组的各位一起学习走的,无奈自己去了一个地方连网都没有,白天九点上班(但七点九起床吃饭坐公交),晚上八九点回去就刷刷转录组的微信交流群。我没打算让这样的日子继续持续下去。
后面回到学校后便开始第一次的任务,先在自己电脑上装虚拟机,把教程找到便一步一步开始做了,结果做到后面发现自己的电脑连VMware都安装不了,更别说安装虚拟机了。当天便去了网吧,运气好赶上网吧做活动,免费上网几天。去了网吧,便开始装虚拟机,第一次装64位的,遇到故障了,我没有直接去找办法,想着换成32位的试试,运气真好,32位的Ubuntu安装成功。我不会忘记团长说conda安装软件方便,于是我打开终端输入conda,发现没有此命令,原来还需要下载Bioconda后面便去装Bioconda,中途遇到一个命令:bash和sh,最开始自己输入的是bash发现没有成功,重新找了个教程,换成sh,还是有问题。于是我找师兄帮看看问题所在,后面又换成bash,成功安装了,之前应该是安装包名称没有写对。后面准备安装任务指定的软件,发现那些软件基本都是64位的,自己的虚拟机是32位,没有顺利安装好软件。这期间有一天中途从网吧出去了一下,回来发现自己的电脑已经关机了,只能重新装,也正好自己需要重新装64位虚拟机,发现之前的故障又跑出来了。这次找了解决方法,XX设置重启电脑生效,我当时就无语了,网吧重启电脑,真是有趣。后面果断回学校找其他办法,当时找到两种一是把自己电脑系统重新装回64位,安装虚拟机。二是装系统。本来出去找人装64windows,他说他不帮人装双系统了,后面还补刀,我们这里从来没有人来装Linux系统。无奈就自己回去装双系统。后面还有很多…这里就不提了。
  最后讲一下收获,那些看了很多遍的教程,现在不看也可以做了。还有很多不会很多不理解,所以还有很多要学要做。虽然现在自己不会的很多,但是慢慢学,一定能积累起来的。希望以后学习不迷茫不心急。好好加油吧。
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发表于 2017-7-17 23:36:26 | 显示全部楼层
熟能成巧,多玩几次就会了
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 楼主| 发表于 2017-7-18 09:47:52 | 显示全部楼层
anlan 发表于 2017-7-17 23:36
熟能成巧,多玩几次就会了

嗯。继续加油。
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发表于 2017-7-19 19:26:09 | 显示全部楼层
赞楼主!
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发表于 2017-7-22 14:25:42 | 显示全部楼层
本帖最后由 Bruce 于 2017-7-22 15:34 编辑

安装 sratoolkit的时候


报错了。
应该是sra-tools。
你是这样的吗?

另外,
r应该是R。

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发表于 2017-8-7 16:35:21 | 显示全部楼层
好赞啊
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 楼主| 发表于 2017-8-9 17:13:33 | 显示全部楼层

很感谢你,你的教程非常详细非常丰富。借鉴了你很多经验,希望自己能顺利完成8次任务。
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 楼主| 发表于 2017-8-9 17:14:10 | 显示全部楼层

共同进步。
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 楼主| 发表于 2017-8-9 17:15:54 | 显示全部楼层
Bruce 发表于 2017-7-22 14:25
安装 sratoolkit的时候

我不知道你的命令和我的一样不,我加了版本号,没有遇到你这样的问题哦。
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