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[ohter] 学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》疑问

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发表于 2017-7-19 18:17:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
在p93,例4-2中: QQ截图20170719181213.jpg
作者将22号染色体中有N的覆盖掉,然后再统计所有碱基的出现次数,为什么我的结果是这样的。
QQ截图20170719181623.jpg
这明显没有将N去掉啊。
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发表于 2017-7-20 09:57:47 | 显示全部楼层
chr22NoN才是把N覆盖掉的最终文件吧,你统计一下这个文件。
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 楼主| 发表于 2017-7-20 15:10:19 | 显示全部楼层
Panda姐 发表于 2017-7-20 09:57
chr22NoN才是把N覆盖掉的最终文件吧,你统计一下这个文件。

我后来把代码改成:
alphabetFrequency(chr22NoN,baseonly=true)
结果是这样的: QQ截图20170720150822.jpg
跟原文的差不多。
难道是bioconductor版本问题?书上很多函数都已经不再使用了。

p.s. 你的头像是大熊猫……我的是小熊猫……
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发表于 2017-7-21 16:41:24 | 显示全部楼层
robertno 发表于 2017-7-20 15:10
我后来把代码改成:
alphabetFrequency(chr22NoN,baseonly=true)
结果是这样的:

那是书的错误吧
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 楼主| 发表于 2017-7-23 18:11:31 | 显示全部楼层

估计是,还是自己实践比较好
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