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[mRNA-seq] 转录组入门(2)-作业

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发表于 2017-7-19 19:19:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
实在没时间在论坛上排版了,只好偷懒贴出我的未知笔记的链接,好处是会随时更新,请版主见谅。正文地址:http://fbb84b26.wiz03.com/share/ ... S3LE4tM2rg0A-1qRcP-





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发表于 2017-7-27 21:35:46 | 显示全部楼层
这个好,我想放在你的下面。

用的软件和版本和参数
参考基因组 (GRCh37/hg19)
比对软件 TopHat (v2.0.13)
a gene transfer file (GTF version GRCh37.70).
低质量reads移除 (MQ430)
Picard-tools (v1.126) (http://broadinstitute.github.io/picard/)计算平均的插入的量
Reads计数-HTSeq (v0.6.0)
差异基因表达-DESeq (v3.0)
差异外显子-g DEXSeq (v3.1)
数据
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