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[mRNA-seq] 转录组入门(3)-作业

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发表于 2017-7-19 19:22:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 青山屋主 于 2017-7-19 19:24 编辑

以下是第三部分的作业内容:(刚刚完成)
转录组入门3-测序数据质量检查



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发表于 2017-10-1 17:24:02 | 显示全部楼层
你好,非常感谢你无私分享的笔记,学习之后有一个问题想要请教:用fastq-dump --slipt -3命令将双端测序的.sra文件转换成两个fastq文件,请问_2.fastq的reads是从5’端到3’端 还是从3’端到5’端呀?
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 楼主| 发表于 2017-10-1 17:27:34 | 显示全部楼层
牧羊的男孩儿 发表于 2017-10-1 17:24
你好,非常感谢你无私分享的笔记,学习之后有一个问题想要请教:用fastq-dump --slipt -3命令将双端测序的. ...

fastq文件中的序列都是5`到3`的,不管是_1还是_2,只要是fastq格式文件,都遵守5到3的规则
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发表于 2017-10-1 19:12:34 | 显示全部楼层
请问如果 fastq-dump --slipt -3命令生成了三个文件,第三个文件需要处理吗
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发表于 2017-10-2 22:36:57 | 显示全部楼层
青山屋主 发表于 2017-10-1 17:27
fastq文件中的序列都是5`到3`的,不管是_1还是_2,只要是fastq格式文件,都遵守5到3的规则 ...

嗯嗯,非常感谢你的回复
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发表于 2017-12-21 10:04:54 | 显示全部楼层
生信小小菜鸟 发表于 2017-10-1 19:12
请问如果 fastq-dump --slipt -3命令生成了三个文件,第三个文件需要处理吗

一般不需要
请参看fastq-dump split-3 output
Welcome to my blog: http://bioinfostar.com
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发表于 2017-12-22 09:23:56 | 显示全部楼层
mckf111 发表于 2017-12-21 10:04
一般不需要
请参看fastq-dump split-3 output

非常感谢,看来以后还得用英文搜,biostar上找
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发表于 2017-12-22 09:56:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 mckf111 于 2017-12-24 08:41 编辑
生信小小菜鸟 发表于 2017-12-22 09:23
非常感谢,看来以后还得用英文搜,biostar上找

翻越万里长城是必须的

话说github上蓝灯都有30000多star了,太反映民情了!

给个地址吧: 万里长城用不到



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