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[mRNA-seq] 转录组作业(1)软件安装:新手第一次发帖

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发表于 2017-7-21 15:18:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
1.系统准备: 选择了windows10的黑科技Bash on Ubuntu on windows
首先是更新到win10最新版,然后在win10上开启Linux子系统,参考了这篇百度经验http://jingyan.baidu.com/article/5552ef47ef0b87518ffbc935.html


其中比较费时间的是下载Ubuntu,应用商店的速度可真是慢。
2.Ubuntu子系统装好后,搭配cmder
在cmder官网(http://cmder.net/)下载mini版本即可
在cmder的setting中,command line中写入,%windir%\system32\bash.exe ~ -cur_console:p:n
之后就可以用cmder直接启动Ubuntu了

参考了徐洲更大神的帖子https://mp.weixin.qq.com/s?__biz ... rJ5WAccphO13IDLh#rd
3.Ubuntu换源
换源之前,对网速真的绝望了,参考了hoptop大神的帖子(http://www.biotrainee.com/thread-1800-1-1.html)才知道都是源惹的祸
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
# 备份
cd /etc/apt/
sudo cp source.list source.list.bk
# 替换
sudo sed -i 's/http/https/g' sources.list ;sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list ;sudo sed -i 's/security.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list
# 更新
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

4.Ubuntu安装软件之前必需的包
没安装之前总被卡住,再一次参考了hoptop大神的帖子,一次性解决问题
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
## build-essential
sudo apt-get install build-essential
## java
sudo apt install  openjdk-9-jdk
## 各种包
sudo apt install autoconf libz-dev libbz2-dev liblzma-dev libssl-dev
### zlib2
wget [url]http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz[/url]
tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz && cd zlib-1.2.11 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf zlib-1.2.11
### bzip2
wget [url]http://bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz[/url]
tar -zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz && cd bzip2-1.0.6 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf  bzip2-1.0.6
### curses
sudo apt-get install libncurses5-dev

5.神器conda的安装
在bioconda的官网(https://conda.io/miniconda.html)下载合适的版本,我自己的是Python2.7版的64位安装包
然后按照官网(http://bioconda.github.io/)的说明进行安装软件,还参考了https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567
另外参考了徐洲更大神的帖子添加了清华的镜像,提高了下载速度
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda config --add channels [url]https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/[/url]
conda config --add channels [url]https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/[/url]
conda config --add channels [url]https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/[/url]
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

conda对新手实在是太神器了,手动安装还是需要补一下linux基础了
6.安装软件
有了带清华镜像的conda,软件安装的666
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda install -c bioconda samtools=1.5
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1

7.一点心得:新手入门,Linux基础薄弱,参考了大神们的作业终于折腾好了软件的安装,请各位批评指正。装完软件发现Linux也没什么难的,一切困难都是纸老虎。加油加油!







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