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[mRNA-seq] (1)转录组之软件安装

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发表于 2017-7-22 23:33:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 zgn1 于 2017-7-22 23:37 编辑

简书地址
一、Linux系统环境准备     其中的软件并非转录组必备自行删减
用window10系统的同学,可以按照网络上的教程开启自带unbuntu子系统。(系统安装完成后通过apt-get安装git, vim )
sudo apt install git vim
想用纯Linux系统的同学,可以通过虚拟机或实体机安装Linux的ISO镜像。我这里使用的是基于Arch Linux的衍生版本manjaro的xfce版本。特点是同时拥有aur丰富的软件和可视化的便捷安装。
(系统安装完成后通过pacman安装git, vim )
sudo pacman -S git vim chromium mousepad
安装yaourt用于获取AUR中的软件
vim /etc/pacman.conf #用VIM打开编辑文件,自行百度VIM用法或用文本查看器替代
在pacman.conf文件最后加入以下三行
[archlinuxcn]
SigLevel = Optional TrustAll
Server = http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/archlinuxcn/$arch
安装yaourt
pacman -Syu yaourt
yaourt -S deepin-qq-im #安装个qq玩玩
二、miniconda安装与配置
用miniconda的好处是不用自己寻找相关软件官网查看安装方法以及漫长的本机编译过程和烦人的软件依赖关系解决,另外可以通过建立虚拟环境来管理同一软件的不同版本
cd && mkdir Source && cd Source # 在家目录下建立Source 文件夹存放代码文件
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda3 # 通过wget下载miniconda安装代码,并重命名为miniconda3.sh方便后期使用
bash miniconda3.sh # 运行后按提示安装
以下添加channels,就是为conda增加软件源
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes
三、转录组软件安装
安装之前
conda create -n biosoft --clone root
source activate biosoft
conda search (packagename) #也可以先到这里搜索以保证包名写法正确,并且比conda search速度快
安装软件代码
conda install sra-tools fastqc hisat2 samtools htseq
四、R与rstudio软件安装
source deactivate
conda create -n R r-essentials rstudio






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发表于 2017-8-7 16:42:36 | 显示全部楼层
conda create -n biosoft --clone root 请问这是什么意思啊
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