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使用GATK的GenotypeGVCFs工具处理HaplotypeCaller结果为何会丢失id?

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发表于 2017-7-26 18:06:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
这是HaplotypeCaller的结果,里面有rs的id

HaplotypeCaller结果

HaplotypeCaller结果
这是GenotypeGVCFs处理的结果,但是rs的编号却丢失了,有人知道这是怎么回事吗?
2.png



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发表于 2017-9-15 15:44:40 | 显示全部楼层
本帖最后由 小龙 于 2017-9-15 15:52 编辑

可能是在GenotypeGVCFs中没有添加--dbsnp 参数吧。

[mw_shl_code=shell,true] java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T GenotypeGVCFs \
   -R reference.fasta \
   --variant sample1.g.vcf \
   --variant sample2.g.vcf \
   --dbsnp dbsnp_138.b37.vcf\
   -o output.vcf[/mw_shl_code]
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