搜索
查看: 3338|回复: 1

[other] 转录组入门(1):使用win10内置Linux的作业

[复制链接]

1

主题

1

帖子

136

积分

注册会员

Rank: 2

积分
136
发表于 2017-7-27 23:03:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

这里是刚刚接触生信的计算机小白,之前看到jimmy大神的转录组基础入门鼓捣了好久,终于可以交第一个作业了。

首先是win10内置的Linux的安装,参考链接:http://www.linuxidc.com/Linux/2016-04/130016.htm
进入window10的“设置”中
在”更新和安全”中选择“针对开发人员”选择“开发人员模式”
在“控制面板”中选择“程序”
打开“启用或关闭windows功能”,将“适用于linux的windows子系统”点选
注:以上需先获取windows内部预览资格(在官网登录预览资格后就可以立即获得)并更新至内部预览版本
打开运行输入“cmd”回车
在框中输入“bash”
会提示是否在应用商店下载ubuntu系统
输入“yes”
下载安装
就可以进入linux系统了
输入用户名和密码就可以开始使用了
之后需要再次启动bash可以通过开始菜单中新添加的图标进入
注:win10内置的这个Linux系统,系统安装的位置是处于c盘,且储存于其他盘的文件是挂载在“/mnt”目录下的,但如果使用windows拖拽移动或复制的方式,新建文件夹或是移动文件至其安装目录下,会出现在bash中无法发现新建的文件夹以及文件的情况(自己血的教训),可以通过路径”/mnt/*/xxxx/’来打开*盘的xxxx文件夹,来打开各个盘的数据或文件。

一直用代码安装软件都报错,直到我用了bioconda
安装bioconda方法参考链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567
安装bioconda需先安装miniconda
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
wget [url]https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh[/url]
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh
输入“yes”进行安装
再输入“source~/.bashrc”完成安装
输入“conda”会显示软件信息
输入“conda list”可以查看已经安装的软件:
添加channels
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
通过“conda config--get channels”可以查看已经添加的channels:
更新miniconda
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda update conda
卸载miniconda
删除miniconda的整个文件夹:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
rm -rf ~/miniconda
从环境变量中去掉miniconda:打开~/.bash_profile文件,删掉其中miniconda的路径,关闭并保存(至今还是没弄懂要怎么删路径

删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件。

使用Bioconda安装软件
可以在:https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes中查看该软件是否被conda支持
若支持可直接输入“conda install 软件名”即可安装。
想要查看已安装的软件列表可以使用命令行:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda list
卸载软件可用命令行:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda remove 软件名
使用bioconda安装软件
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda install -c bioconda samtools
conda install -c bioconda htseq
conda install -c bioconda hisat2
conda install -c bioconda fastqc
conda install -c jfear sratoolkit[/color][/size][/font][/align][align=left][font=Tahoma][size=2][color=#000000]conda install rstudio
bioconda默认安装最新版本的软件,指定软件版本可使用“conda install 软件名=版本号”来进行安装
bioconda由于是国外镜像,下载很慢,如果挂一个vpn会快很多。

各个软件的官网与中文教程
samtools官网:http://www.htslib.org/
中文相关介绍或使用方法:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100xvq1.html
中文相关介绍或使用方法http://www.dengfeilong.com/post/htseq-count.html
hisat2官网:http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
中文相关介绍或使用方法http://blog.sciencenet.cn/blog-759995-990471.html
fastqc官网:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
中文相关介绍或使用方法https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723
中文相关介绍或使用方法http://blog.sciencenet.cn/blog-452120-819882.html
中文相关介绍或使用方法http://tieba.baidu.com/p/1840660429
Rstudio官网:https://www.rstudio.com/
中文相关介绍或使用方法https://segmentfault.com/a/1190000004442134

7月上旬刚刚开始接触生信和Linux,拖到现在才把作业(1)弄完,如果发现有什么错误,请回复我,我会尽快改正的。






本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x



上一篇:转录组入门(5):序列比对
下一篇:转录组入门 ( 3 ) :了解fastq测序数据
回复

使用道具 举报

0

主题

4

帖子

67

积分

注册会员

Rank: 2

积分
67
发表于 2018-3-7 16:59:54 | 显示全部楼层
请问楼主安装conda时输入source~/.bashrc显示没有这个文件怎样处理
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-14 22:22 , Processed in 0.036593 second(s), 28 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.