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数据库一网打尽:不会编程又怎样,还不照样拿课题发文...

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发表于 2017-7-30 10:16:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
首发在生信技能树公众号
数据库一网打尽:不会编程又怎样,还不照样拿课题发文章!
距离上次的承诺已经过去了1月,今天就来补上上回的坑。
说实话,现在大部分公众号已经创作乏力,我估摸着已经1个月没有点开关注的公众号了,因为在上一个月我就发现,
已经没有什么能够让我虎躯一震,要知道在以前我可是每天刷新,不断收藏的,要不然印象笔记里面也不会有1万多条笔记,以前不知道如何分享,权当做自己的精囊,写错了是锦囊,都是在师妹困难的时候发挥作用,而现在,微信允许跨公众号内插帖子链接,今天我就要把他们全部放出来。
我要申明一点,如果你把这个帖子看完后,还觉得自己拿不到课题,发不了文章,我觉得,你可能需要换个团队,或者换个脑子。
我就是掌握了这些数据库的用法,才变成了现在的我。而我学习编程,是为了更加自由。
需要强调的是,这里面大部分数据库我都使用过,但是遗憾的是,当年我并没有记录使用的感受,以及各个帖子对于新手的友好程度,甚至在使用
某些数据库时,干脆自己把使用文档看了一遍,不过,没关系,你只要知道,想到达到什么目的该用什么数据库就可以了。
对于TCGA感兴趣的,可以参考之前的导航帖,那也是这个坑的由来:
TCGA教程大合集:不会编程是常态,但永远难不倒努力前行的临床医生
下面我们正式开始:
芯片分析:
其实这边跟TCGA帖子有点重合,说到底,数据挖掘有两个作用
  • 没有课题的时候产生课题
  • 没有机制的时候提供思路
单基因信息汇总数据库:
通过TCGA帖子和前面的帖子,你已经有足够多的课题可以来做,但是如何筛选特定的基因,并确定自己的研究方向,你得看看下面的帖子
研究单个基因的生物信息学分析工具
还在为找不到基因序列而烦恼么?
如何检索基因的DNA,mRNA,protein序列
文献中基因挖掘的一个简单神器
为啥要学习这些讨厌的蛋白互作分析工具?
如何正确地寻找能扯上关系的明星分子
告诉你文献聚类分析的神器 1
告诉你文献聚类分析的神器2
新神器get√,用这个来搜PubMed
更深层次的文献分析神器Get√!
偷懒的同学看好了,了解基因的捷径——gene card
如何查询和展示一个基因在组织和细胞株里面的表达?
人家五分文章是用这个神器来验证免疫组化的
介绍一个来自全球最壕高校的数据库……
(工具篇)S5E55:肿瘤耐药研究神器之——GDSC
转录调控相关:
我的导师告诉我,在90年代,包括现在,CELL杂志每期有一般的文章都是转录调控相关的,所以至今我们还保留在强悍得转录调控研究传统
这里面包括如何找启动子,预测结合位点,转录调控的三驾马车你也应该知道:Luciferase,EMSA,ChIP,但是这些实验相关的知识不是本次的重点,再次挖坑。
先看看我写过的帖子
找出基因的启动子并分析其结合位点
来,再教你搜个启动子吧……
转录因子和靶基因系列(一)转录因子调控哪些下游基因,有实验证据的线索
转录因子和靶基因系列(二)按类检索转录因子ChIP-seq数据
转录因子和靶基因系列(三)哪个TF会来结合我这段DNA
要是我有一堆基因,想知道他们的转录因子,要怎么整?
十分钟设计一个转录因子相关的课题,坐稳了,装个逼给你看
表观遗传相关:
长链非编码RNA相关:
按照上面的说法,我觉得目前科研就围绕两个字进行,调控,转录调控,翻译调控,表观遗传,然而那些非编码RNA发挥越来越多的调控作用,
这篇帖子要看看
(文章篇)S5E53:标准化lncRNA课题设计
但是我们同时看到,大部分团队对于长链非编码RNA的研究只是出于浅表状态,而我们理解的就是
老老实实地做RACE确定全长
通过RNA-pulldown确定结合蛋白,或者其他方法确定结合的DNA,RNA,
然后再证明如何起作用,好的文章只做了一件事情,把事情说清楚。
然后再看看下面的帖子吧。
如何预测LncRNA与蛋白的相互结合?
你的lncRNA是否因SNP而发挥了不同的作用?导致预后的不同?
要怎么证明LncRNA是LncRNA?!
(工具篇):神器之——lncRNA编码能力预测
如何用BLAST来预测lncRNA相关的miRNA
为啥你辛辛苦苦做的lncRNA会被reviewer毙掉
如何绘制高大上的RNA二级结构图?
(工具篇):神器之——lncRNA编码能力预测
如何查询分子的物种保守性?
如何预测lncRNA的靶基因?
环状RNA相关:
对于环状RNA,我有个奇怪的想法,临床医生做到这一块的内容,实际上自己能做的少之又少,
如何筛选环状RNA,请公司做测序
如何分析环状RNA,生信公司给你作图
如何设计引物验证,实际上你不会
如何让RNA成环,你也不会,请公司做
如何敲减,还是不会,实际上很困难
所以,一般的团队跟我讲,实际上是同学自豪地跟我说,他研究的方向是环状RNA,实际上我的心内五味杂陈,最后汇成一句“你们团队好牛逼”
circRNA 引物设计
环状RNA定量PCR技术详解
circRNA研究必备神器之傻瓜攻略大全
你不能不知道的2个CircRNA研究在线工具!
circRNA研究必备工具:circRNA翻译潜能预测
非编码RNA真的不编码吗?9张图告诉你答案
环状RNA翻译蛋白研究技术思路剖析
Cell子刊连续两篇环状RNA翻译蛋白文章发表!
circRNADb:首个汇总编码蛋白环状RNA的数据库
Nature Reviews Genetics探讨环状RNA研究方法现状
碎碎念:
实际上看到这里的人不多,因为这样的帖子肯定是要收藏的,肯定是要跟自己说,以后会好好看的,可是多半不会看。大部分朋友蠢蠢欲动心急火燎地要学习生信,往往无疾而终,心灰意冷的时候,看看这篇帖子,你会重新打量人生,重振雄风的,因为你会发现,想要解决的问题,都有人给你提供方案了。
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发表于 2018-1-6 00:41:32 | 显示全部楼层
谢谢大佬,膜拜都是干货
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发表于 2018-1-6 16:29:08 | 显示全部楼层
好多干货啊,厉害。
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发表于 2018-1-9 09:19:40 | 显示全部楼层
这个平台的收藏好像一点用没得
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