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[other] 转录组入门作业(1)软件准备

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发表于 2017-7-31 10:45:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yojoy123 于 2017-7-31 10:46 编辑

声明:本作业中命令多数是根据论坛以及网上各位网友的命令修改而来,囫囵吞枣的学习,还请各位轻拍~
#转录取入门(1)软件准备
安装anaconda的步骤不再赘述,百度和谷歌以及论坛已有狠多教程。
#第一步 因为自己之前用root账户建立了anaconda2文件夹,所以需要更改用户权限
[mw_shl_code=bash,true]cd ~/biosoft
sudo chown -R jshi anaconda2 #change owner[/mw_shl_code]

#第二步:更改anaconda镜像
[mw_shl_code=bash,true]conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes[/mw_shl_code]

#第三步:用conda命令安装本次转录组学习所需的软件
[mw_shl_code=bash,true]conda install -c bioconda samtools=1.5
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
conda install -c bioconda hisat2=2.0.5
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1[/mw_shl_code]

后期可以根据需要对软件库以及anaconda程序进行更新
更新所有库
[mw_shl_code=bash,true]conda update --all[/mw_shl_code]

更新 conda 自身
[mw_shl_code=bash,true]conda update conda[/mw_shl_code]

更新 anaconda 自身
[mw_shl_code=bash,true]conda update anaconda[/mw_shl_code]

#参考资源
http://blog.csdn.net/guan__hua/article/details/61240932





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