搜索
查看: 3284|回复: 0

[other] 转录组入门作业(1)软件准备

[复制链接]

2

主题

41

帖子

387

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
387
发表于 2017-7-31 10:45:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yojoy123 于 2017-7-31 10:46 编辑

声明:本作业中命令多数是根据论坛以及网上各位网友的命令修改而来,囫囵吞枣的学习,还请各位轻拍~
#转录取入门(1)软件准备
安装anaconda的步骤不再赘述,百度和谷歌以及论坛已有狠多教程。
#第一步 因为自己之前用root账户建立了anaconda2文件夹,所以需要更改用户权限
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
cd ~/biosoft
sudo chown -R jshi anaconda2 #change owner


#第二步:更改anaconda镜像
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda config --add channels [url=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/]https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/[/url]
conda config --set show_channel_urls yes


#第三步:用conda命令安装本次转录组学习所需的软件
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda install -c bioconda samtools=1.5
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
conda install -c bioconda hisat2=2.0.5
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1


后期可以根据需要对软件库以及anaconda程序进行更新
更新所有库
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda update --all


更新 conda 自身
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda update conda


更新 anaconda 自身
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda update anaconda


#参考资源
http://blog.csdn.net/guan__hua/article/details/61240932





上一篇:PANDA姐的转录组入门(6):reads计数
下一篇:求助关于不同lane上测序数据的合并
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-14 22:19 , Processed in 0.032058 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.