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[assembly] 求助关于不同lane上测序数据的合并

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发表于 2017-7-31 10:45:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
如下图所示,测序公司返回的一株李斯特菌的二代测序数据,分别是lane3和lane4上的各两个双末端测序结果,求助大神,如何将lane3和lane4上的数据进行合并成为XXXXXX_1.fq.gz和XXXXXX_2.fq.gz两个文件。

[img]file:///C:/Users/hbucq/Documents/Tencent%20Files/3699039/Image/C2C/TZ)9IsZ_4$Y%7D2G725F%7D[O.png[/img]

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发表于 2017-7-31 16:08:22 | 显示全部楼层
pair end 本来不就分别是L3的1 和2 以及L4的1 和2 是为一组处理的数据么?
如果合并处理恐怕也是sample的2组,sample1 为L3的1 和2,sample2为L4的1和2 。。
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 楼主| 发表于 2017-7-31 16:46:05 | 显示全部楼层
loversweetie 发表于 2017-7-31 16:08
pair end 本来不就分别是L3的1 和2 以及L4的1 和2 是为一组处理的数据么?
如果合并处理恐怕也是sample的2 ...

不是两个sample,可能是测序公司为了省钱或什么其它原因,他们把每个样品分成了两个lane去测序
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发表于 2017-7-31 17:11:45 | 显示全部楼层
hbucqp 发表于 2017-7-31 16:46
不是两个sample,可能是测序公司为了省钱或什么其它原因,他们把每个样品分成了两个lane去测序 ...

直接合并两个 lane 的 R1 ,解压,cat file1 file2 > file3, 合并到一起,然后再压缩。
R2 也一样。
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 楼主| 发表于 2017-8-1 13:08:32 | 显示全部楼层
W.Peng 发表于 2017-7-31 17:11
直接合并两个 lane 的 R1 ,解压,cat file1 file2 > file3, 合并到一起,然后再压缩。
R2 也一样。 ...

十分感谢
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发表于 2017-9-11 16:43:51 | 显示全部楼层
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
cat L3_1.fq.gz L4_1.fq.gz > 1.fq.gz
cat L3_2.fq.gz L4_2.fq.gz > 2.fq.gz


直接这样就可以了,并不需要手动解压再压缩。
你这一个样品,用到了两个barcode,不知道他们咋想的,凑line用吗?
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 楼主| 发表于 2017-9-22 10:42:58 | 显示全部楼层
alienzj 发表于 2017-9-11 16:43
[mw_shl_code=bash,true]cat L3_1.fq.gz L4_1.fq.gz > 1.fq.gz
cat L3_2.fq.gz L4_2.fq.gz > 2.fq.gz
[/mw_ ...

十分感谢,我也不知道测序公司为什么要把一个样品分到两个lane上去测,
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发表于 2017-10-18 10:28:09 | 显示全部楼层
hbucqp 发表于 2017-9-22 10:42
十分感谢,我也不知道测序公司为什么要把一个样品分到两个lane上去测, ...

cat 是不能查看压缩文件的,要合并也是zcat,而且没必要合并,合并比对后会有专门的软件去将各条lane的序列合并起来,比对后在合并就行了
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