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[mRNA-seq] 转录组入门(1)作业

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发表于 2017-8-2 23:17:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
发现自己不够脚踏实地和细心!!再接再厉把
先跟着panda姐走
win10如何开启linux的bash功能?
win10 的bash on ubuntu on windows?
对win10进行了设置
搜索bash
##安装
先跟着panda姐走 win10如何开启linux的bash功能?
win10 的bash on ubuntu on windows?
##安装
[mw_shl_code=applescript,true]apt-get update

sudo apt-get upgrade
apt-get upgrade
#出错了
  sudo rm /var/lib/apt/lists/lock
  #解决[/mw_shl_code][mw_shl_code=applescript,true]sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
wget http://biotrainee.com/jmzeng/RNA ... E81916-two-group.sh[/mw_shl_code][mw_shl_code=applescript,true]### sratoolkit
mkdir sratoolkit && cd sratoolkit
wget https://ftp -trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz[/mw_shl_code][mw_shl_code=applescript,true]###hisat2
cd /mnt/c/Users/think/biosoft
mkdir hisat && cd hisat
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphi ... t2-2.1.0-source.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip
sudo apt-get install unzip
unzip fastqc_v0.11.5.zip
unzip hisat2-2.1.0-source.zip
make
sudo apt-get install make
make
sudo apt install g++
make
rm -f *.h *.cpp[/mw_shl_code][mw_shl_code=applescript,true]###samtools
cd /mnt/c/Users/think/biosoft
mkdir samtools && cd samtools
wget https://github.com/samtools/samt ... amtools-1.5.tar.bz2
  tar xvfj samtools-1.5.tar.bz2[/mw_shl_code][mw_shl_code=applescript,true]####fastqc
cd /mnt/c/Users/think/biosoft
mkdir fastqc && cd fastqc
  wget http://www.bioinformatics.babrah ... /fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip[/mw_shl_code][mw_shl_code=applescript,true]#####HTSeq其他的都在biosoft 这个不在
sudo apt-get install python-pip
pip install --upgrade pip
sudo apt-get install build-essential python 2.7-dev python-numpy python-matplotlib
wget https://testpypi.python.org/pack ... eq-0.8.0dev2.tar.gz
huanzi@DESKTOP-9M42468:~$ tar -zxvf HTSeq-0.8.0dev2.tar.gz

python setup.py install --user#出错了
  
huanzi@DESKTOP-9M42468:~$ cd HTSeq-0.8.0
huanzi@DESKTOP-9M42468:~/HTSeq-0.8.0$ python setup.py install --user##好啦~~[/mw_shl_code][mw_shl_code=applescript,true]#########
  wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-linux-x86_64.sh
  vi ~/.bashrc#尚待解决[/mw_shl_code]



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