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[mRNA-seq] 转录组入门(1)作业

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发表于 2017-8-2 23:17:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
发现自己不够脚踏实地和细心!!再接再厉把
先跟着panda姐走
win10如何开启linux的bash功能?
win10 的bash on ubuntu on windows?
对win10进行了设置
搜索bash
##安装
先跟着panda姐走 win10如何开启linux的bash功能?
win10 的bash on ubuntu on windows?
##安装
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apt-get update

 sudo apt-get upgrade
 apt-get upgrade
 #出错了
  sudo rm /var/lib/apt/lists/lock
  #解决
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sudo apt-get update
 sudo apt-get upgrade
 wget [url=http://biotrainee.com/jmzeng/RNA-seq/RNA-seq-example-GSE81916-two-group.sh]http://biotrainee.com/jmzeng/RNA ... E81916-two-group.sh[/url]
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### sratoolkit
mkdir sratoolkit && cd sratoolkit
wget https://ftp -trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
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###hisat2
cd /mnt/c/Users/think/biosoft
mkdir hisat && cd hisat
wget [url=ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zip]ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphi ... t2-2.1.0-source.zip[/url]
 unzip fastqc_v0.11.5.zip
 sudo apt-get install unzip
 unzip fastqc_v0.11.5.zip
 unzip hisat2-2.1.0-source.zip
 make
sudo apt-get install make
make
sudo apt install g++
make
rm -f *.h *.cpp
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
###samtools
cd /mnt/c/Users/think/biosoft
 mkdir samtools && cd samtools
 wget [url=https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2]https://github.com/samtools/samt ... amtools-1.5.tar.bz2[/url]
  tar xvfj samtools-1.5.tar.bz2
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####fastqc
 cd /mnt/c/Users/think/biosoft
 mkdir fastqc && cd fastqc
  wget [url=http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip]http://www.bioinformatics.babrah ... /fastqc_v0.11.5.zip[/url]
 unzip fastqc_v0.11.5.zip
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#####HTSeq其他的都在biosoft 这个不在
sudo apt-get install python-pip
pip install --upgrade pip
sudo apt-get install build-essential python 2.7-dev python-numpy python-matplotlib
 wget [url=https://testpypi.python.org/packages/de/e4/5287587097a4c46b571babb074ce3ff91cf220bed26502b69dccd3a2fda3/HTSeq-0.8.0dev2.tar.gz]https://testpypi.python.org/pack ... eq-0.8.0dev2.tar.gz[/url]
huanzi@DESKTOP-9M42468:~$ tar -zxvf HTSeq-0.8.0dev2.tar.gz

python setup.py install --user#出错了
  
huanzi@DESKTOP-9M42468:~$ cd HTSeq-0.8.0
huanzi@DESKTOP-9M42468:~/HTSeq-0.8.0$ python setup.py install --user##好啦~~
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
#########
  wget [url=https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-linux-x86_64.sh]https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-linux-x86_64.sh[/url]
  vi ~/.bashrc#尚待解决



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